Да, употребление кавычек в этом случае оправданно, т. к. слово используется не в своем обычном значении.

Верная пунктуация:

При этом на отчетной неделе российские информационные ресурсы международных экологических организаций комментировали, помимо вопросов ЯРБ, также и экономические аспекты проектов и сделок ГК «Росатом» с зарубежными партнерами.

Запятые в скобках не нужны, однако возможны, если воспринимать часть с учетом истории изменения организации и должности пользователя как уточнительную конструкцию.

Правильно слитное написание. Обратите внимание: предложение построено неудачно. Что именно вынесено – дело?

Так обратиться можно. Согласно «Большому толковому словарю русского языка», коллега – товарищ по работе, по совместной учёбе (в высшей школе), по профессии. В данном случае коллеги – товарищи по работе (те, кто работают в одной организации).

Нужно писать по правилам. Но в документах собственные наименования все же указывать приходится так, как они зарегистрированы. В общем, большой вопрос к регистраторам...

В ГОСТ Р 6.30-2003 «Унифицированные системы документации. Унифицированная система организационно-распорядительной документации. Требования к оформлению документов» зафиксирован пример заголовка для инструкции с формой родительного падежа без предлога: Должностная инструкция ведущего эксперта. И эта модель является широко распространенной в делопроизводстве.

«Словарь грамматической сочетаемости слов русского языка» Е. М. Лазуткиной (М., 2012) указывает на возможные варианты управления: инструкция для кого (чаще) и инструкция кому. Эта рекомендация, по-видимому, обусловлена тем, что конструкция с родительным падежом без предлога в некоторых контекстах двусмысленна: ее можно понять и как «инструкция, адресованная кому-то», и как «инструкция, составленная кем-то».

Пробелы нужны и между самими инициалами, и между инициалом и фамилией, например: А. С. Пушкин. Так следует писать имена и в названиях учреждений, например: Российский государственный педагогический университет имени А. И. Герцена.