Ошибки в «Большом толковом словаре» под ред. С. А. Кузнецова (версия 2014 года), размещенном на портале, нет. Различие в словарях, которое Вы обнаружили, свидетельствует об эволюции грамматической нормы. Еще в 1976 году в словаре «Грамматическая правильность русской речи» Л. К. Граудиной, В. А. Ицковича, Л. П. Катлинской была отмечена тенденция к вытеснению родительного падежа со значением части винительным падежом: «При глаголах с общим значением «брать», «давать» (брать, взять, выпить, дать, купить, привезти, принести, съесть и под.) выбор падежной формы, в соответствии со старой нормой, определяется значением этой формы: винительный падеж обозначал полный охват объекта действием, определенное количество, родительный – распространение действия на часть объекта, неопределенное количество, например: Налей себе молока из кувшина (т. е. некоторую часть) – Выпей молоко, которое тебе оставлено. Такое разграничение конструкций существует еще и в настоящее время. Однако наряду с этим… различие между родительным и винительным падежом в описываемых конструкциях нейтрализуется, причем в современном употреблении родительный падеж в количественно-выделительном значении вытесняется винительным. Особенно активно этот процесс происходит в разговорной речи, в которой зафиксировано равное количество употреблений родительного и винительного падежа. Ср.: взять продуктов выпей воды, принеси молока, купить конопляного семени, принести хлеба, грибочков купить надо – брать укроп, дать сдачу, купить цветы, привезти сухари».

Правильно раздельное написание (т. к. у причастия есть зависимые слова): не обратившимся. Сочетание отработать контроль нуждается в замене.

Правильно: реестр по 42,2 тыс. объектов. О сочетаниях со словом тысяча см. в «Письмовнике» рубрику «Тысяче работникам или тысяче работников?».

Правильно: 48 академических часов.

Правильно раздельно: объектно ориентированный.

Лучше в данном случае использовать форму ед. ч. сказуемого.

При подлежащем – количественном сочетании со значением приблизительности предпочтительна форма единственного числа сказуемого: Ежегодно на объектах проводится свыше 300 учебно-тренировочных заданий. Однако это не строгое правило, а рекомендация. 
Вы можете подробнее прочитать о единственном и множественном числе сказуемого в «Письмовнике».
Обратите также внимание на то, что проводятся обычно занятия, а не задания.

Пунктуация верна.

Корректно: Из следующей формулировки остаётся непонятным, должно ли быть выполнено согласно «Правилам противопожарного режима в Российской Федерации», утв. пост. Правительства от 16.09.2020 № 1479 (далее – ППР), только оснащение огнетушителями или еще и ремонт пожарных гидрантов и внутреннего противопожарного водопровода зданий: "На объекте следует выполнить ремонт пожарных гидрантов, внутреннего противопожарного водопровода, оснащение огнетушителями в соответствии с требованиями ППР".