Большой толковый словарь
Система постоянных наблюдений, оценки и прогноза изменений состояния какого-л. природного, социального и т.п. объекта. Биологический, экологический, культурный м. Система мониторинга. < Мониторинговый, -ая, -ое. М-ые данные.
Корректно: В частности, результаты могут быть использованы для решения задач оперативной океанологии (прогноза развития опасных гидродинамических процессов, экстремальных волнения и течения и предупреждения связанных с ними возможных аварийных ситуаций), экологических задач (регистрации и прогноза распространения аварийных разливов нефтепродуктов), для наблюдения и предупреждения опасной метеорологической обстановки на море (смерчей, грозовой облачности) и в других целях.
Слитное написание корректно.
Запятую нужно поставить.
Возможны оба варианта, раздельное написание подчеркивает отрицание.
Нужна запятая перед частицей только.
Сочетание не зафиксировано в академическом орфографическом словаре. Корректно раздельное написание по образцу подобных словарно закрепленных сочетаний, ср.: биологически активный, вулканически активный, оптически активный, политически активный, творчески активный, фармакологически активный, экономически активный.
Постановка знака зависит от смысла. Если до этого уже разрабатывались биологически активные пептиды (были старые, а теперь разработаны новые), запятая не нужна. Если же новизна именно в том, что были разработаны биологически активные пептиды («новые, а именно биологически активные»), запятая нужна.