Запятая нужна: придаточное предложение что бросается в глаза выделяется с обеих сторон. Каждый из знаков (запятая и тире) ставится на своих основаниях.

Верно: над Плещеевым озером. Окончание -ом в творительном падеже характерно для топонимов-существительных на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно). В названии Плещеево озеро слово Плещеево является прилагательным, поэтому упомянутое правило к нему не относится.

Географические названия, которые употребляются с родовыми словами озеро и мыс, обычно не склоняются: ..аквально-скальные комплексы мыса Казантип с озером Акташ и Астанинскими плавнями, аквально-прибрежный комплекс мыса Опук.

Строй предложения, о котором Вы пишете, невозможен. Если мы уберем придаточное, то останутся две не связанные друг с другом части (Озеро окружено густым лесом, и немало крупных птиц). Вариант с запятой ошибочный.

Корректно: 1) озера с площадью зеркала; 2) водноэнергетический; 3) Хранилища служат источниками неиспользуемых в технологии хлоридно-натриевых рассолов; 4) абразионно-размываемый, водно-ледниковый, слабо связный; 5) озеро Княжье (2021); 6) метеостанция М-47; 7) с уклоном 70–80 градусов (словесная форма допустима); 8) вариант народохозяйственный изредка встречается в специальных текстах, однако рекомендуем прилагательное народно-хозяйственный.  

Может быть, просто мальков (без "рыбы"). Если имеются в виду разные породы рыб, то лучше во мн. ч.

Вы правы: на пляже отдыхают, загорают, а купаются в воде. Распространенность сочетания купание на пляже, видимо, можно объяснить тем, что пляж в этом случае широко понимается как в целом место для отдыха, где есть и песок, и какая-то вода (река, море и др.). Представляется, что такое сочетание можно признать допустимым в непринужденной речи, но не в образцовом употреблении.

Если название географического объекта употреблено с существительным типа город, озеро и т. д., то это название выполняет функцию приложения: на озере Байкал, в городе Москве. Обратите внимание, что названия городов, сел, деревень, поселков, усадеб, выраженные склоняемым существительным, как правило, согласуются в падеже с определяемым словом.

В других случаях географические названия выполняют другие функции. Так, в предложении Я отдыхаю в Москве предложно-падежная форма в Москве — обстоятельство, а в предложении Москва не сразу строилась существительное Москва — подлежащее.

При перечислении запятая ставится (в знач. "по городу и вдоль озера").

Если ответить коротко, то это предложный падеж, а если более подробно и точно, то это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. См. ответы на вопросы № 263338 и 264234.