Правильно: заведующему учебной частью.

Действительно, рекомендации словарей претерпели изменения, языковая норма меняется.

«Словарь современного русского языка в 17 томах» в 1991 году отмечал только вариант броня (указывая на бронь как просторечное, нелитературное слово). В новом же издании словаря («Большой академический словарь русского языка», том 2, 2005 г.) есть броня (общеупотребительное) и разговорное бронь 'официальное закрепление за кем, чем-либо льготных прав на пользование чем-либо, получение чего-либо'.

Вот как это слово раньше фиксировали словари. 

• В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова – два ударения при одном заголовочном слове: броня. Значения слова объединены в одной словарной статье: 'воинский доспех'; 'защитная облицовка'; 'запрет, налагаемый властью на какие-либо предметы общего пользования с целью обеспечить их для кого-либо, для каких-нибудь государственных нужд' (новое, официальное слово); 'предметы, на которые наложен такой запрет' (новое, разговорное слово); 'право пользования такими предметами, документ на это право' (новое, разговорное слово).
•  В «Словаре русского языка» С. И. Ожегова (1952) – броня и просторечное бронь. Такая рекомендация сохранялась в последующих изданиях словаря, а также в большинстве других нормативных источников.
• В «Кратком словаре трудностей русского языка» Н. А. Еськовой: только броня в значении 'закрепление за кем-чем-либо': броня на билеты. Восклицательным знаком сопровождается помета: «!неправильно ед. им. и вин. бронь».
• А вот в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова – только бронь. Другого варианта нет.

Заглавная и прописная буква – это одно и то же. Это большая буква. Маленькая буква – строчная.

Сочетания ученый совет, ученый секретарь пишутся строчными.

Да, верно: в Бабьем Яре. Ответ исправлен. Спасибо за замечание!

Дело в том, что среди словарей ударений есть особые издания, адресованные работникам эфира. В них в подавляющем большинстве случаев дается только один вариант (чтобы исключить ситуации, когда один диктор говорит твОрог, а другой следом - творОг), даже если в литературном языке допустимы два варианта ударения. Словари М. В. Зарвы (и Ф. Л. Агеенко) были ориентированы именно на работников эфира, поэтому в них почти всегда приводился только один вариант; такой способ подачи материала сохранился и в переизданиях словаря, увидевших свет после смерти автора (Майя Владимировна Зарва скончалась в 2003 году).

Словари, адресованные широкому кругу читателей (к ним относится и словарь И. Л. Резниченко), обычно стремятся к более полному описанию вариантов, существующих в языке. Неудивительно, что в этом издании дано и твОрог, и творОг: эти варианты в современном русском языке фактически равноправны.

Сочетание ученый совет пишется строчными.

Слово институт пишется с большой буквы, если это первое слово официального названия: ученый совет Института цифровых технологий. Если это не начало официального названия, правильно написание строчными.

И день и ночь – устойчивый оборот со значением 'всегда, постоянно', поэтому запятая в нем не ставится. Перестановка слов разрушает фразеологизм, что делает возможным постановку запятой.

Сочетание корректно, поскольку только форма множественного числа указывает на то, что определение относится ко всем трем существительным.