Верен первый вариант (если имеется в виду, что именно департамент, а не директор осуществляет общее руководство подразделением).

Правильно без запятых.

Запятую ставить не нужно.

Конгениальный – близкий, сходный по духу, образу мыслей, таланту и т. п. (перевод конгениален оригиналу).

Во-первых, много — не наречие, а неопределенно-количественное слово.

Во-вторых, это неполное предложение. В полном виде оно должно выглядеть примерно так:
У меня в этом учреждении много знакомых.

Понятно, что вместо у меня может быть у моей подруги, у него и т. д. Но указание на субъекта, о знакомых которого идет речь, обязательно: ведь ничьих знакомых не бывает. Вместо в этом учреждении может быть среди альпинистов, на телевидении, в сфере компьютерных технологий и т. п., хотя этот распространитель обязательным не является.

Далее, если мы заменим много на количественное числительное, то получим:
У меня в этом учреждении пять знакомых (допустим, врачей).
Обратите внимание на то, что числительное — в И. п.

А если мы оставим только одного знакомого, то «всплывет» опущенный бытийный глагол:
У меня в этом учреждении есть (имеется, нашелся) знакомый (врач).

Вот этот глагол и есть опущенное сказуемое. Бытийный глагол — сказуемое регулярно опускается (превращается в ноль), если объект обладания (в данном случае это знакомые) квантифицируется, то есть сопровождается количественной характеристикой.

Подлежащим же является существительное знакомый (если же имеется и слово врач, то, конечно, подлежащим является оно, а знакомый станет определением), а в случае квантификации объекта обладания — количественно-именное словосочетание пять знакомых, много знакомых.

В неполном предложении Знакомых много стандартный порядок компонентов изменен, потому что существительное знакомых говорящий, исходя из своего коммуникативного намерения, превратил в тему (исходный пункт) высказывания, а много — в рему (ядро) высказывания. Именно поэтому возникает впечатление, будто много становится сказуемым. Но это впечатление ошибочно. Следуя этой логике, нужно было бы объявить знакомых подлежащим, что, с точки зрения хоть сколько-нибудь традиционной грамматики, неприемлемо: подлежащих в родительном падеже не бывает.

Нужно уяснить, что грамматическое членение предложения и его коммуникативная организация (выделение темы и ремы) мало зависят друг от друга. Часто они согласуются друг с другом, но разобранный пример показывает, что они могут вступать и в конфликтные отношения. Однако изменить грамматическую структуру предложения его коммуникативная организация не может.