Современная орфографическая норма — дубнинский. Однако в прошлом слово испытывало колебания в написании: бытовали варианты дубненский, дубнинский, дубенский. При этом вариант дубненский использовался чаще других. В начале 2000-х годов Совет депутатов Дубны обратился в Институт русского языка им. В. В. Виноградова с просьбой разъяснить ситуацию с орфографическими разночтениями и получил ответ, где было сказано, что выбор написания «должен решаться с учетом традиции и практики речевого употребления». На основании этой рекомендации депутаты постановили, что в официальных городских документах и названиях следует использовать традиционное написание дубненский. Поэтому в Дубне есть Дубненская городская больница, Дубненский городской суд, Дубненский машиностроительный завод и т. п.

Починять примус (в переносном смысле) - заниматься своими делами, никому не мешать. Оборот восходит к роману "Мастер и Маргарита" Михаила Афанасьевича Булгакова:

...В гостиной на каминной полке, рядом  с хрустальным кувшином, сидел громадный черный кот. Он держал в своих лапах примус.
     В полном молчании вошедшие в  гостиную  созерцали  этого кота в течение довольно долгого времени.
     -- М-да... действительно здорово, -- шепнул один из пришедших.
     --  Не  шалю,  никого  не   трогаю,  починяю  примус,  --  недружелюбно насупившись, проговорил кот, -- и еще считаю  долгом  предупредить, что  кот древнее и неприкосновенное животное.

Нет, здесь возможно только раздельное написание. Можно перестроить фразу, например: Вопреки п. 2 протокола не исполнено поручение...

Вы совершенно правы. Если вводное слово (сочетание) стоит в начале или в конце обособленного оборота (обособления, уточнения, пояснения, присоединения), то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. 

Контекстный – относящийся к контексту, связанный с ним, например: контекстный анализ. Контекстуальный – обусловленный контекстом, например:  контекстуальные связи слова, контекстуальные синонимы. Слово контекстуальный чаще употребляется как лингвистический термин.

В каком нашем окне слово контекстуальный подчеркнуто как ошибочное, мы не поняли.

Сочетание дают влияние выглядит странно. Сравним предложения, приводимые в «Большом толковом словаре русского языка» в качестве примеров употребления слова влияние в значении «сила авторитета, власти»: Человек с большим влиянием в обществе. Подчинить своему влиянию кого-л. Выйти из-под влияния кого-л. Находиться под чужим влиянием. Использовать всё своё в. Возможно, стоит отредактировать предложение так: Видят тех, кто двигает процесс, — таким сотрудникам дают больше свободы, они приобретают большее влияние. 

Построение фразы ничуть не мешает слитному написанию :)

Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение. 

Предложение стилистически некорректно, его части плохо связаны по смыслу между собой.

Верная пунктуация: Особо следует подчеркнуть 10-летний опыт хирургии травм селезенки, и при этом ретроспективный анализ не выявил ни одной посттравматической кисты.

Глагол починять со стилистической точки зрения оценивается как народно-разговорный.