1. Да, тире в этом случае интонационное.

2. Слово постановление в тексте документа пишется со строчной буквы, а с прописной начинается название постановления, например: В соответствии с постановлением Правительства Российской Федерации «О порядке формирования и утверждения списка нормативных словарей, справочников и грамматик, фиксирующих нормы современного русского литературного языка при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации, внесении изменений в Положение о Правительственной комиссии по русскому языку и признании утратившими силу некоторых актов Правительства Российской Федерации»...

Современная орфографическая норма — дубнинский. Однако в прошлом слово испытывало колебания в написании: бытовали варианты дубненский, дубнинский, дубенский. При этом вариант дубненский использовался чаще других. В начале 2000-х годов Совет депутатов Дубны обратился в Институт русского языка им. В. В. Виноградова с просьбой разъяснить ситуацию с орфографическими разночтениями и получил ответ, где было сказано, что выбор написания «должен решаться с учетом традиции и практики речевого употребления». На основании этой рекомендации депутаты постановили, что в официальных городских документах и названиях следует использовать традиционное написание дубненский. Поэтому в Дубне есть Дубненская городская больница, Дубненский городской суд, Дубненский машиностроительный завод и т. п.

Починять примус (в переносном смысле) - заниматься своими делами, никому не мешать. Оборот восходит к роману "Мастер и Маргарита" Михаила Афанасьевича Булгакова:

...В гостиной на каминной полке, рядом  с хрустальным кувшином, сидел громадный черный кот. Он держал в своих лапах примус.
     В полном молчании вошедшие в  гостиную  созерцали  этого кота в течение довольно долгого времени.
     -- М-да... действительно здорово, -- шепнул один из пришедших.
     --  Не  шалю,  никого  не   трогаю,  починяю  примус,  --  недружелюбно насупившись, проговорил кот, -- и еще считаю  долгом  предупредить, что  кот древнее и неприкосновенное животное.

Нет, здесь возможно только раздельное написание. Можно перестроить фразу, например: Вопреки п. 2 протокола не исполнено поручение...

Вы совершенно правы. Если вводное слово (сочетание) стоит в начале или в конце обособленного оборота (обособления, уточнения, пояснения, присоединения), то никаким знаком препинания от оборота оно не отделяется. 

Контекстный – относящийся к контексту, связанный с ним, например: контекстный анализ. Контекстуальный – обусловленный контекстом, например:  контекстуальные связи слова, контекстуальные синонимы. Слово контекстуальный чаще употребляется как лингвистический термин.

В каком нашем окне слово контекстуальный подчеркнуто как ошибочное, мы не поняли.

Построение фразы ничуть не мешает слитному написанию :)

Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение. 

Действительно, существительное риск не может подчинять изъяснительное придаточное, поэтому правильно Высок риск того, что…

Наречия не могут подчинять себе прилагательные, поэтому здесь — существительное. А вот в отсутствие зависимого прилагательного оно становится наречием.