Корректно: управляющий централизованной религиозной организацией "Тобольско-Тюменская Епархия Русской православной церкви".
Лучше: в образовательном органе.
Кавычки будут уместны в этом случае.
Можно употребить оба слова – и наименование, и название. Они синонимичны и различаются стилистически: название – нейтральное, наименование – характерно для официально-деловой речи. Обратите внимание: аббревиатура вуз пишется строчными.
Если человек или компания организовывали конференции, то верно: За организацию научно-практических конференций.
Выбор буквы зависит от того, как функционируют эти организации, насколько можно о них говорить как о самостоятельных организациях или как о частях организаций. Дело в том, что названия частей и отделов учреждений, организаций, а также слова типа президиум, ученый совет, совет директоров, правление и др. пишутся строчными (совет директоров ОАО «РЖД»). Если организации, о названиях которых Вы спрашиваете, обладают всё же самостоятельностью, пусть и находясь в структуре СО РАН, СПР России (т. е. они ближе к официальным названиям общественных организаций, чем к названиям частей учреждений), то корректно написание с прописной: Совет молодых ученых СО РАН, Совет молодых литераторов Союза писателей России.
Пожалуйста, сформулируйте Ваш вопрос по русскому языку.
Корректен первый вариант. См. в «Письмовнике».
Корректно: торговые организации.
Слово НАТО может употребляться как существительное мужского или среднего рода.
