Правильно: согласно выставленному счету.
Оба варианта возможны.
У глагола провести среди прочих значений есть следующие: "оформить, соблюдая все необходимые правила" (Провести счет через бухгалтерию. Провести сотрудника по штату. Провести приказом по институту) и "осуществить, произвести, выполнить какие-либо действия, работу" (Провести репетицию. Провести заседание. Хорошо провести урок. Провести соревнования. Провести уборку урожая).
Таким образом, сочетание провести платеж может употребляться в обоих смыслах, о которых Вы пишете.
Запятые стоят правильно.
При союзе как... так и... имя существительное, которому предшествует два определения, принимает форму единственного числа: как на платной, так и на бесплатной основе.
Запятая перед так (т. е. между однородными членами) обязательна. Запятая перед как возможна. Она ставится, если определения носят присоединительный характер и в устной речи отделяются паузой.
Это слово существует, оно придумано В. Маяковским и пока не вошло в большинство словарей русского языка.
Указанная запятая не требуется.
Запятая возможна для отделения пояснительной конструкции.
