Верно: врио командира Иванову И. И. Падеж слова командир определяется при расшифровке: временно исполняющему обязанности (кого?) командира Иванову И. И.
А где инициалы?
ИНИЦИАЛЫ, -ов; мн. (ед. инициал, -а; м.). [от лат. initialis - начальный]
1.
Первые буквы имени и отчества или имени и фамилии, реже имени, отчества и фамилии. Вырезать на дереве чьи-л. и. Ложка с инициалами "С.К."
2. Спец.
Укрупнённые и украшенные заглавные буквы в начале книги, главы или абзаца. < Инициальный, -ая, -ое (2 зн.). И-ые буквы нарисованы красной тушью.
Корректно со знаком тире: страны — участницы БРИКС.
Литературная норма: работа выполнена Борисом Ивановичем.
Правильно: вирус Эпштейна – Барр.
Это разные сокращения: и. о. – исполняющий обязанности, врио – временно исполняющий обязанности.
Точка не ставится.
