Запятые поставить можно, но смысл предложения изменится.
Название города нужно согласовывать: в г. Пушкине, план г. Пушкина.
Тире не нужно. Верно: Я пас.
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Верно: ...у г. Риги.
Достаточно просто: в Москву.
Верно: реализуется в г. Перми.
Верно: Я в замешательстве.
