Сочетания со словом как не являются приложениями. Приложения — это согласованные определения, выраженные именем существительным (нераспространенное приложение) или именем существительным с зависимыми словами (распространенное приложение). Обороты со словом как выполняют в предложении роль обстоятельства или являются частью сказуемого. Пунктуация в этом случае подчиняется правилам, о которых Вы пишете (оборот обособляется, если имеет значение причинности, и не обособляется при значении 'в качестве'), но речь идет не о приложениях.
Названия в сочетании с родовым словом заключаются в кавычки и пишутся с прописной буквы; имя собственное в составе названия тоже пишется с прописной: узор «Принц Уэльский».
В сочетании с составным числительным, оканчивающимся на два, три, четыре, существительное ставится в форму единственного числа родительного падежа: 404 дворника (ср. 44 веселых чижа).
В сочетании со словом зеркало возможно и слитное, и раздельное написание.
В сочетании византийский император Юстиниан три слова: прилагательное византийский, нарицательное существительное император и имя собственное Юстиниан.
Слово центр, в том числе в сочетании центр России, следует писать со строчной буквы. Если перед автором стоит задача обозначить Центральный федеральный округ, лучше именно так и писать.
Географические названия славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, не склоняются в сочетании с родовым словом, верно: из города Кемерово.
Слово безоплатный использовалось в прошлом в значении ‘неоплатный’, ‘который невозможно выплатить’, чаще всего в сочетании безоплатный долг. Оно зафиксировано в академическом толковом словаре под ред. Я. К. Грота (Словарь русского языка, составленный Вторым отделением Императорской Академии наук. Т. 1. СПб., 1895. С. 149). В состав современного литературного языка слово безоплатный не входит.
Суффиксы -н- и -альн- имеют значение ‘свойственный тому, что названо производящим существительным’. Относительные прилагательные с суффиксом -н- стилистически нейтральны, суффикс -альн- (особенно в сочетании с иноязычными основами существительных) характерен прежде всего для книжной речи, в частности для научной терминологии. На выбор суффикса могут влиять фонетические причины: например, суффикс -н- не используется после основ на гласный, а -альн- не имеет таких ограничений, ср.: комплексный, гротескный, но гениальный, индивидуальный, азимутальный, ортодоксальный. Таким образом, после основ на согласный в научном стиле речи могут использоваться оба суффикса.
Обычно прилагательные с суффиксами -н- и -альн- являются синонимами, например: синусоидальный / синусоидный, сфероидальный / сфероидный и др. Однако в рамках той или иной научной дисциплины или школы может существовать традиция выбора одного из синонимов в качестве рекомендуемого или ограничения на сочетаемость каждого из синонимов. Поэтому для корректного употребления слов с этими суффиксами необходимо обращаться к терминологическим словарям.
К сожалению, в словарях по минералогии слова фрамбоидный и фрамбоидальный не зафиксированы. Поиск в Яндексе показывает, что в научных работах используются оба прилагательных. В этом случае следует обратиться к авторитетным работам, связанным с изучением фрамбоидов, чтобы определить, какой из терминов предпочтительнее в различных контекстах. Возможно, эти слова употребляются как полные синонимы, но подтвердить это могут только специалисты по минералогии.
Номенклатурные наименования смешанного буквенно-цифрового типа обычно употребляются в сочетании с нарицательным существительным, от которого и могут наследовать родовую характеристику, если в последующих высказываниях текста оказались в полном одиночестве. Говорить о самостоятельной родовой принадлежности цифрового имени (выраженного количественным числительным), даже если оно поддержано буквенным символом, не приходится. Терминологические традиции употребления номенклатурных наименований в профессиональной речи следует уточнять с опорой на тематическую литературу и рекомендации профильных специалистов.
