Правильно: Заключение "Помощника Врачу" — результат работы ИИ, второе мнение о лечении пациента. 

Запятая не нужна (см. примечание 3 к параграфу 44  полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).

Союз как имеет здесь значение «в качестве», а значит, оборот с этим союзом не обособляется; поскольку однородные подлежащие выражены инфинитивами, между подлежащим и сказуемым ставится тире: Ваша задача как врача — не только лечить болезни, но и предотвращать их.

Нечто может стоять за плечами, но опыт обычно имеют. Вполне традиционны и обороты без глагола: врачи, за плечами которых многолетний опыт.

Падеж словоформы врача в этом контексте установить невозможно: вопрос кого? не различает винительный и родительный падежи. Глагол бояться действительно может присоединять в качестве зависимого слова одушевленное существительное в винительном падеже (боюсь маму). Правда, следует заметить, что, согласно справочнику Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке», такой вариант (бояться кого) имеет разговорную окраску. Нейтральная форма зависимого существительного при глаголе бояться — форма родительного падежа (боюсь мамы). 

Слово доктор обозначает и врача, и ученого, в чем можно убедиться, если обратиться к толковым словарям русского языка (в частности, к словарям, размещенным на нашем портале). 

Правильно слитное написание. 

Знаки препинания в этом предложении не требуются.

В первой части этого предложения однородные сказуемые соединены попарно союзом или: беременны или кормите; думаете или планируете — в таких случаях запятая перед этим союзом не нужна. От сказуемого думаете зависит придаточная часть что забеременели, которую нужно выделить запятыми. Таким образом, корректен следующий вариант постановки знаков препинания: Если Вы беременны или кормите ребенка грудью, думаете, что забеременели, или планируете беременность, перед началом применения препарата проконсультируйтесь с врачом или работником аптеки.

Да, в таком контексте приведённое написание корректно.