Верно: Три объекта находятся в Республике Саха (Якутия), три — в Приморском, и один — в Камчатском крае.
Розы в сочетании три розы — это форма не именительного падежа множественного числа, а родительного падежа единственного числа. После числительных два, три, четыре, когда они стоят в форме именительного или винительного падежа, существительные употребляются в форме родительного падежа единственного числа, а после числительных пять — десять существительные употребляются в форме родительного падежа множественного числа. Такова несколько упрощенная трактовка формы существительного после два, три, четыре, принятая, например, в школе. Более глубоко своеобразие форм существительных после два, три, четыре освещается в «Письмовнике».
Верно: при аэропорте.
Верно: три бутЫли, пять бутЫлей. Это слово женского рода, ударение во всех формах падает на Ы.
Сочетание трое сестер недопустимо: собирательные числительные не употребляются с существительными, называющими лиц женского пола. Правильно: три сестры.
Варианты в первые три дня и первые три дня стилистически равноправны.
См. в орфографическом словаре.
Верен второй вариант.