Начиная со второй минуты означает 'с момента, когда вторая минута началась'; начиная с третьей недели — 'по прошествии двух недель'.
Указанная запятая не требуется, если значение предложения: полное изучение химии рекомендуется начинать в восьмом классе. Подробно о пунктуации при оборотах, которые присоединяются предлогом начиная с, читайте в «Справочнике по пунктуации».
Тире между подлежащим и сказуемым-существительным ставится на месте отсутствующей связки. Поскольку в приведенном предложении связка присутствует (есть — форма настоящего времени глагола быть), для постановки тире нет оснований: Правильно помысленное есть начало открытия.
В данном случае оборот является несогласованным определением (затрат (каких?) начиная с 1 июня 2024 г. по 1 мая 2025 г.), не нуждающимся в обособлении.
Слово начало в винительном падеже, это второе школьное склонение.
Запятая не требуется.
Обособление не требуется.