Действительно, второй вариант является наиболее употребительным в документации. Кавычки уместны и когда шифр отсутствует: направление подготовки "Ветеринарно-санитарная экспертиза".

Возможно, в одном из этих значений:

2.
Направление в строительстве; характер, стиль постройки. Романская а. Дом готической архитектуры.
3. собир.
Здания, сооружения. Деревянная а. заповедника не пострадала.

Возможны варианты пунктуации: Отвечая на вопрос: «Как пройти к школе», мы можем показать направление рукой  и Отвечая на вопрос: «Как пройти к школе?» – мы можем показать направление рукой.

Возможны оба варианта.

А что тогда понимать под "господствующей церковью"?

Слова «как никогда» выделяются знаками препинания, обычно запятыми, вместе с относящимися к ним словами.

И тогда-то // Загрохали ставни, // И город, // Артачась, // Оголенный, // Без качеств, // И каменный, как никогда, // Стал собой без стыда. Б. Пастернак, Мужики и фабричные. Я утром гуляла в саду, в поле, была в лесу, мне казалось, что я одна во всем мире, и я думала, так хорошо, как никогда в жизни. И. Бунин, Легкое дыхание. Все было против людей Заозерья в то беспощадное утро: сушь и жара многих недель, состояние залежи и направление ветра, влажность воздуха и низкий, как никогда прежде, уровень грунтовых вод. Е. Парнов, Третий глаз Шивы.

Если слова «как никогда» тесно связаны по смыслу со сказуемым, то запятые, как правило, не ставятся.

Солнце пекло как никогда, но у пруда стояло затишье. Г. Белых, А. Пантелеев, Республика ШКИД. И как никогда было обидно, что его опыты – фактически девять лет его жизни – пошли насмарку. В. Богомолов, Момент истины. Он служил как никогда. И. Бунин, Суходол.

ШКОЛА, -ы; ж. [от греч. schole]
1.
Учебное заведение, которое осуществляет общее образование и воспитание молодого поколения; здание, в котором помещается это заведение. Начальная, средняя ш. Пойти, поступить, ходить в школу. Ученик, воспитанник, выпускник школы. Кончить, окончить школу. Работать учителем в школе. Директор новой школы. Здание, классы, туалеты школы. Строить пятиэтажную кирпичную школу. Математическая, английская, французская школа
(с углублённым преподаванием какого-л. предмета или ряда предметов, например, математики, английского языка и т.п.).
2. только ед.
Система общего образования, совокупность соответствующих учреждений и учебных заведений. Отделение школы от церкви. Традиции русской школы. Место и роль школы в стране.
3. чего или какая.
Учебное заведение, училище, курсы и т.п., где даются специальные знания, профессиональные навыки. Музыкальная ш. Ш. танцев. Лётная, фельдшерская ш. Ш. прапорщиков. Детская спортивная ш. Вечерняя, художественная ш. для детей и взрослых. Высшая ш.
(система высшего специального образования; общее название для высших учебных заведений).
4. только ед.
Система приёмов, обязательных упражнений, видов работ при изучении чего-л., при овладении каким-л. мастерством, искусством. Начальная ш. игры на фортепиано. Композиция и натюрморт входят в школу. Никак не сдать школу. Откатать школу (разг.; в фигурном катании).
5. чего или какая.
Приобретение знаний, выучки, опыта; сами знания, выучка, опыт. Пройти тяжёлую трудовую школу. Иметь за плечами хорошую, превосходную школу. У вас плохая ш. графики. Служба в армии - это суровая ш. Ш. жизни. Ш. спорта.
6.
Направление, течение в науке, искусстве, литературе, общественно-политической мысли и т.п., обладающее характерными свойствами, методами, приёмами. Позиционная шахматная ш. Искусство делится на школы. Различные литературные школы. Новая ш. физиков. Писатели карамзинской школы. Геохимическая ш. Вернадского. Создать свою школу в науке.
7. С.-х.
Питомник, где выращивают растения (сеянцы или саженцы) до посадки на постоянное место. < Школка, -и; ж. Пренебр. (6 зн.). Школьный (см.).

Пунктуация корректна.

Большой толковый словарь

Слова «как никогда» выделяются знаками препинания, обычно запятыми, вместе с относящимися к ним словами.

И тогда-то // Загрохали ставни, // И город, // Артачась, // Оголенный, // Без качеств, // И каменный, как никогда, // Стал собой без стыда. Б. Пастернак, Мужики и фабричные. Я утром гуляла в саду, в поле, была в лесу, мне казалось, что я одна во всем мире, и я думала, так хорошо, как никогда в жизни. И. Бунин, Легкое дыхание. Все было против людей Заозерья в то беспощадное утро: сушь и жара многих недель, состояние залежи и направление ветра, влажность воздуха и низкий, как никогда прежде, уровень грунтовых вод. Е. Парнов, Третий глаз Шивы.

Если слова «как никогда» тесно связаны по смыслу со сказуемым, то запятые, как правило, не ставятся.

Солнце пекло как никогда, но у пруда стояло затишье. Г. Белых, А. Пантелеев, Республика ШКИД. И как никогда было обидно, что его опыты – фактически девять лет его жизни – пошли насмарку. В. Богомолов, Момент истины. Он служил как никогда. И. Бунин, Суходол.

См.: 334">http://www.gramota.ru/spravka/punctum/58334