Омонимия – звуковое совпадение языковых единиц, различных по значению. Омонимами могут быть слова (ключ для замка и ключ – родник), но могут быть и синтаксические конструкции, например: чтение Солженицына (Солженицын читает или читают произведения Солженицына), письмо Виктории (письмо от Виктории или письмо к Виктории). Такие конструкции и называют омонимичными.

Кавычки могут быть поставлены по желанию автора текста (если автор хочет подчеркнуть, что выделенные кавычками слова не принадлежат собственно ему).

И мужская, и женская фамилия Спира склоняются: р. п. - Спиры, д. п. - Спире и т. д.

В каком-то смысле окончательное решение всегда за носителем языка — соблюдать или не соблюдать правила правописания, следовать или не следовать литературной норме, говорить красиво или использовать сниженную лексику и т. д. Если следовать норме русского языка, склонять мужскую фамилию Довженок необходимо, ее несклонение — грамматическая ошибка. Отменять законы грамматики носитель фамилии не может.

Правило звучит так: в составных названиях важнейших документов и сборников документов, государственных законов, а также архитектурных и других памятников, предметов и произведений искусства с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена. Но при этом начальное родовое наименование в подобных названиях архитектурных и других памятников, произведений искусства пишется со строчной буквы. Ср.: дворец Белосельских-Белозерских (дворец — родовое слово), но Дворец конгрессов, Дворец наций (Дворец — первое слово названия). Сложность как раз в том, чтобы определить границы имени собственного, не всегда это можно сделать легко и последовательно.

В приведенных Вами примерах корректно: палаццо Колонна, дворец Александра III в Массандре (ср.: Массандровский дворец), Арсенальная комната Царскосельского дворца (может, использовать современное название — Екатерининского?), парадная анфилада Царскосельского дворца, Малый Трианон, центральный вестибюль замка Шамбор, вилла «Черный лебедь», вилла «Ротонда». 

Сложнее всего, кажется, с названием д/Дом ф/Фавна. Возможно написание дом Фавна (тем более в ряду перечисления других домов  в Помпеях), но в условиях контекста может быть уместно использовать прописную как раз в первом слове, чтобы избежать модели «дом, принадлежащий...» и подчеркнуть, что речь идет о памятнике архитектуры.

Вы правы. Правильно: зам. генерального директора. С большой буквы пишутся только названия высших государственных должностей (и то лишь в текстах официальных документов).