Является ли название вещества поясняющим приложением, зависит от контекста. Если речь идет о том, что на заводе предусмотрен синтез вспомогательных веществ, входящих в препарат, то есть противопоставлены вспомогательные вещества и активное вещество, то название активного вещества нужно каким-то образом выделить, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества — ибупрофена; На заводе не предусмотрен синтез активного вещества (ибупрофена). Если в контексте сопоставляются разные активные вещества, название одного из них не будет поясняющим, например: На заводе не предусмотрен синтез активного вещества ибупрофена, а синтез других активных веществ — предусмотрен. 

В приведенном примере союз или соединяет два причастных оборота (знающий и изучавший — причастия). Пунктуация в нем корректна.

Если автор намерен придать приложению современник Льва Толстого  дополнительное обстоятельственное значение, например выразить смысл 'хотя он был современником Льва Толстого' или 'поскольку он был современником Льва Толстого' (в контексте нет лексических или грамматических показателей, однозначно указывающих только на одну трактовку), это приложение нужно отделить от определяемого слова запятой: Современник Льва Толстого, Бунин нередко спорил с историей, с веком, с современниками. Если автор намерен лишь соотнести время жизни двух писателей, обособление не требуется: Современник Льва Толстого Бунин нередко спорил с историей, с веком, с современниками. 

Обстоятельство — в яркий солнечный день. 

Это безличное предложение, состоящее из главного члена, образованного по модели сложного трехчленного сказуемого: ползти — смысловой инфинитив, было — формальная связка, неудобно — модальный компонент, выраженный словом категории состояния. Предложение неполное: опущен обязательный распространитель в Д. п. (кому?). В школе это косвенное дополнение, в университете — субъектный детерминант (или дативный субъект).

Корректно:  ...являются вещества, входящие в состав медикаментозных препаратов, и видовая склонность к появлению очагов воспаления. 

В зависимости от общего смысла высказывания возможны варианты: Брат-инженер работает; Брат, инженер, работает; Брат (инженер) работает. 

Можно использовать двойное подчеркивание: весь деепричастный оборот подчеркнуть как обстоятельство, а обособленное определение в его составе — еще и как определение.

Корректно: советы, как навести порядок в комнате. 

Корректно: Целью работы является разработка и апробация методики...