Такое написание не ошибка, но это очень недружелюбно по отношению к читателю: римскими цифрами обычно обозначают века. Читателю придется тратить дополнительные усилия, чтобы понять смысл сочетания. Не очень понятно, для чего это нужно автору текста.

Верно: Беловежская Пуща. Противоречия с правилами нет, т. к. мы не можем сказать, что слово пуща употребляется только как родовое наименование, не передавая дополнительных смыслов: все же Беловежская Пуща – это не просто название некоего леса (основное значение слова пуща – обширный густой лес), а наименование природного заповедника, территории, обладающей особым историческим и культурным статусом.

Отметим, что орфографические словари предназначены именно для того, чтобы фиксировать частные орфографические случаи (в отличие от свода правил правописания, описывающего общие закономерности письма), регламентировать написание конкретных слов и словосочетаний. Фиксация в орфографическом словаре означает, что данное написание является нормативным и в дальнейшем обращении к правилам правописания уже нет необходимости.

Правила не менялись одномоментно. Есть несколько достаточно авторитетных справочных изданий, в которых рекомендации совпадают не во всем. Эти расхождения могут отражать как разные взгляды авторов, так и эволюцию языковых явлений. Отделять знак сноски (цифру, звездочку и под.) пробелом или нет от слова — вопрос скорее не пунктуационный, а графический. Вполне логично в его решении придерживаться специальных рекомендаций. Однако заметим, что в справочниках Д. Э. Розенталя в разделе «Последовательность знаков при сноске» и при оформлении сносок в тексте единообразия нет (мы посмотрели «Справочник по правописанию и литературной правке» 1967 и 1985 гг. и «Справочник по пунктуации для работников печати» 1984 г.).

Определительный оборот осложнен обстоятельственным значением, поэтому обособляется.

Нет, есть ошибка.

В заголовках такого типа ставится тире (см. параграф 17 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): О детском доме — по архивным документам.

Корректно слитное написание: Кости срослись не просто неправильно, а по-настоящему безобразно. 

Все верно, в слове уточка корень уточ- и суффикс -к-. Все дело в том, что в слове уточка появляется беглая гласная, которой нет в слове утка в форме именительного падежа ед. числа, но которую можно увидеть в форме родительного падежа мн. числа: (нет) уток.

В первом случае нет оснований для постановки запятой перед тире, отделяющим последнюю часть бессоюзного сложного предложения: Долгосрочные действуют несколько лет, точный срок зависит от цели пребывания — это может быть учёба, работа, лечение. Во втором и третьем случае запятые нужны, они закрывают обособленные обороты.