1. Корректно без пробелов. 2. Вопрос сложный, точных рекомендаций в справочниках нет. Приведенное Вами сокращение дано на сайте www.sokr.ru в двух вариантах: ГОУВПО и ГОУ ВПО. В справочнике Д. Э. Розенталя аббревиатура УКГ РКЦ (учетно-контрольная группа расчетно-кассового центра) написана раздельно. Учитывая, что ГОУ и ВПО зафиксированы также и как самостоятельные сокращения, мы можем рекомендовать раздельное написание.

На данный момент в России нет конкретных нормативных документов или распоряжений, которые бы формально требовали полностью исключать использование англицизмов в наименованиях документов, распоряжений или стандартов предприятий. Однако существует закон "О государственном языке Российской Федерации", который регулирует использование русского языка как государственного. Прямых запретов на использование иностранных слов в документах там нет, но подразумевается, что официальные документы должны быть понятны носителям русского языка. См. также ст. 6: "При использовании русского языка как государственного языка Российской Федерации не допускается употребление слов и выражений, не соответствующих нормам современного русского литературного языка (в том числе нецензурной брани), за исключением иностранных слов, которые не имеют общеупотребительных аналогов в русском языке и перечень которых содержится в нормативных словарях, предусмотренных частью 3 настоящей статьи".

Фамилия Жабуня склоняется (если только нет достоверных данных о том, что эта фамилия французская по происхождению). Нормы русской грамматики предписывают склонять все мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный. Единственное исключение – фамилии французского происхождения с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя.

Отметим: фамилия склоняется потому, что таковы грамматические нормы русского языка, а вовсе не потому, что «принят новый закон о русском языке». Закон о русском языке (его официальное название – Федеральный закон Российской Федерации от 1 июня 2005 г. N 53-ФЗ «О государственном языке Российской Федерации») не устанавливает грамматические нормы (это не его задача; для этого существуют словари и грамматики), а определяет статус русского языка как государственного языка Российской Федерации, сферы его использования, меры по защите и поддержке русского языка как государственного языка РФ.

Написание слова мото-час подвели под правило: сложные единицы измерения, независимо от того, образованы ли они при помощи соединительных гласных или без них, пишутся через дефис (ср.: человеко-день, тонна-километр, киловатт-час). Это правило в целом является исключением из правила о сложных существительных, которые при наличии соединительной гласной пишутся слитно. В практике письма слово мото-час, видимо, чаще употреблялось в слитном написании, что соответствовало общему правилу. Возможно, лингвисты, фиксируя слово в орфографическом словаре впервые (это произошло в 1974 г.), видели, что написание подобных единиц измерения плохо подчиняется правилу. Если в 1956 г. было отмечено одно исключение трудодень, в 1967 Д. Э. Розенталь добавляет трудочас, позже в правилах фиксируется тоннажесутки. Из-за неустойчивости этой области письма, увеличения числа исключений, соответствующих общему правилу, лингвисты в начале ХХI в. предложили отказаться от правила-исключения и писать единицы измерения слитно. Однако проект, содержавший это предложение, был категорически отвергнут обществом, не принят на государственном уровне, и лингвистам пришлось перекодифицировать слово, подчинив его правилу-исключению.

Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще. 

Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.

Он прав, участие и партнерские организации – логически неоднородные компоненты, они не могут включаться в ряд однородных членов. Фразу необходимо перестроить.

В таком случае вторую часть названия после тире склонять не следует: Руководителю Государственного казенного учреждения города Москвы — Центр организации дорожного движения Правительства Москвы.

Запятая перед как нужна в обоих предложениях.

Верно: В предлагаемых методах используются смеси различных органических соединений, являющихся метаболитами животных клеток и, соответственно, обладающих пониженной токсичностью.

Согласно словарям (в частности, см. окно «Искать на Грамоте» на нашем портале) союзы в связи с чем, на основании чего употребляются при присоединении придаточной части, в которой содержится непосредственное следствие, вытекающее из действия главной части. Таким образом, использовать эти союзы в начале предложения, а тем более абзаца, неверно. Правильно: в связи с этим, на основании этого.

Здесь - в именительном падеже. Обратите внимание: в тексте есть лишние знаки препинания и прописные буквы.