Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

В этом предложении две части, в главной из которых грамматическая основа захотелось проникнуть и посидеть и отдохнуть; все инфинитивы зависят от глагола захотелось. Второй и третий инфинитивы, соединенные союзом и, образуют тесно связанную по смыслу пару, которая соединена с первым инфинитивом также с помощью союза и; запятая перед союзами в таких случаях не ставится. Таким образом, в этом предложении ставятся только парные запятые, выделяющие придаточное предложение: Мне очень захотелось проникнуть внутрь какого-нибудь шатра и, если там окажется прохладно, посидеть и отдохнуть.

Запятая нужна, чтобы выделить с двух сторон оборот с предлогом благодаря. 

Обе запятые нужно поставить, чтобы выделить придаточную часть, находящуюся внутри главной. 

Да, придаточное если получаем официальную жалобу нужно выделить с двух сторон.

Если естественно в значении вводного слова, то его нужно выделить запятыми.

Вы полагаете, что суффикс в этом слове нужно выделить как-то иначе?

Кавычками следует выделить слово умная, употребляющееся не в своем обычном значении.