Возможный вариант:

Предположим, то, во что ты веришь и на что надеешься, на самом деле – фикция, не более чем дуновение ветра. Что будет, если ты об этом узнаешь?

И всё-таки запятая между частями сложного предложения нужна в соответствии с основным принципом русской пунктуации — структурным (синтаксическим).

Сочетание один в голове, остальные в щупальцах в любом случае нужно обособить, чтобы корректно связать союзом и сочетания девять мозгов и голубая кровь. Представляется уместным выделить сочетание с помощью парного тире (см. подобные примеры в параграфе 36 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина): А ещë у осьминогов девять мозгов — один в голове, остальные в щупальцах — и голубая кровь.

Сказуемое отдыхают относится к подлежащему они, поэтому предложение нужно рассматривать как простое, запятая перед союзом и не нужна. 

Такие названия принято склонять: работаю в «Инфосистемах Джет», «Вертолетах России». Однако в более официальной речи добавляют родовое слово (компания) — тогда название не склоняется: работаю в компании «Инфосистемы Джет», компании «Вертолеты России».

Вместо запятой перед они следует поставить двоеточие. В остальном пунктуация верна.

Корректная пунктуация: Пользуясь случаем, хотелось бы поблагодарить за профессионализм и эффективное взаимодействие в рамках проекта заказчика — ОАО «Ромашка», а также перевозчиков — ОАО «Лютик» и АО «Василек».

Написание сокращения шт. с точкой зафиксировано в «Русском орфографическом словаре» РАН, оно соответствует общим правилам сокращения слов. Рекомендации орфографических словарей относительно сокращения слов иногда (правда, редко) противоречат требованиям ГОСТов и других официальных документов. См., например, ответ на вопрос № 284885.

Нет, переучиваться не надо. Автор текста имеет право последовательно употреблять букву ё (т. е. использовать ее во всех словах, где она встречается).

Дополнительные знаки препинания не требуются.