Сначала об орфографии. В современном русском языке правильным является написание через О: Кощей, Кощей Бессмертный и (о тощем старике, скряге) кощей. Но раньше правильным было написание Кащей. Сейчас этот вариант в словарях дается как устаревший.

Теперь о происхождении этого слова. Слово Кощей имеет два варианта этимологии: 1) от слова кость ('худой, тощий человек, ходячий скелет'); 2) от костить в значении 'бранить'. Поэтому согласно этимологии надо писать через О.

Корректно: пользоваться будильником на телефоне, скачать музыку на телефон, читать книги на телефоне (или с телефона). Предлоги в и на в русском языке часто конкурируют, но, как правило, предлог в связан с представлением о замкнутом пространстве. Поэтому во многих случаях возможны варианты: на телефоне (как на платформе, с помощью которой совершаются определенные действия, или на экране, на поверхности) и в телефоне (подчеркивается внутреннее устройство, «начинка» аппарата).

Слово кофе допускается употреблять как существительное среднего рода в разговорной речи. Литературной нормой по-прежнему является употребление слова кофе как существительного мужского рода.
Обязательное употребление буквы ё в документах -- не более чем инициатива ульяновского губернатора, и ни РАМН (Российская академия медицинских наук), ни РАН (Российская академия наук) не издавали по этому поводу никаких документов. Употребление буквы ё в современном русском языке определяется «Правилами орфографии и пунктуации».

Формы будущего времени глагола сглазить: сглажу, сглазишь, сглазит, сглазим, сглазите, сглазят. В современном литераутрном русском языке нет ни глагола *сглаживать (несов. к сглазить), ни глагола *глазить. Однако форма глазить присутствует во многих диалектах (Сглазили, а кто е знает, глазили или нет) и изредка встречается в художественных текстах: ...он казался вредителем мне: его взгляд точно глазил Москву, его толстые руки как бы аплодировали поплевательству [Андрей Белый. Между двух революций (1934)]. 

Слово неприятель образовано приставочным способом от существительного приятель.

В современном языке это слово семантически обособилось от слова приятель, поэтому специалисты по синхроническому словообразованию рассматривают его как непроизводное.

Аналогичная ситуация сложилась со словом непогода (‘плохая погода’), которое тоже не обозначает отсутствие того или противоположность тому, что названо мотивирующим словом. Тем не менее «Русская грамматика», I том, § 478 (1980) рассматривает его в рамках приставочного способа образования существительных.

В этих случаях нужно ориентироваться на фиксацию в «Академосе». Орфографическая работа в Институте русского языка им. В. В. Виноградова РАН идет непрерывно, ее результаты в электронном «Академосе» можно увидеть быстрее, чем в печатном «Русском орфографическом словаре». На Грамоте представлена электронная версия печатного «Русского орфографического словаря», поэтому те изменения, которые были внесены в «Академос» позднее, на Грамоте не отображаются.

Да, существует как юридический термин. Управомоченный субъект — субъект, обладающий определенными правомочиями, наделенный некоторыми правами в рамках данных правоотношений. Это слово употребляется в литературе по теории права и нормативно-правовых актах, например в Гражданском кодексе Российской Федерации. В русском языке оно известно со второй половины XIX века (тогда же появились слова правомочие, правомочный). За пределами специальных юридических текстов использование слова управомоченный ограниченно, в словари литературного языка оно не включено.

В современном русском литературном языке глагол плавать употребляется в том числе и в значении 'перемещаться по поверхности воды или в воде с помощью специальных приспособлений, устройств, двигателя (о судне) (о движении повторяющемся или о движении в разных направлениях, туда и обратно)', однако в значении 'будучи членом экипажа какого-л. судна, находиться на нём во время плавания' нормативен глагол ходить (ходить боцманом на сухогрузе, ходить матросом на речном теплоходе).