Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

Конечно, винительный. Проверить легко: подставьте слово первого склонения: встретить девочку. Другое дело, что винительный падеж (встретить королька) в данном случае совпадает с родительным (нет королька), поскольку королек – одушевленное существительное. Возможно, учитель это имел в виду?

Оба Ваши варианта переноса соответствуют правилам. Все действующие правила переноса слов можно прочитать в ответе на вопрос № 294651.

Под литературной нормой понимают принятые в общественно-языковой практике образованных людей правила произношения, словоупотребления, использования традиционно сложившихся грамматических, стилистических и других языковых средств. Когда мы говорим: соответствует литературной норме, это означает: соответствует правилам (произношения, правописания и т. п.), соответствует грамматическим законам, действующим в языке, – другими словами, соответствует тому, что исторически сложилось в языке и закреплено (кодифицировано) в словарях, грамматиках, учебных пособиях.

Возможны оба варианта переноса. Правила см., например, здесь. 

Избыточности нет. Переломить – «ломая, разделить надвое», но «разделить надвое» не обязательно означает «на две равные части», не так ли?

Корректно: стодевяностотысячный (ср.: девяностолетний).