Наличие во второй части обстоятельства в устьях некоторых рек и в отдельных заливах (оно относится ко всей грамматической основе, то есть представляет собой детерминант) говорит о том, что эта часть действительно является неполным предложением. Без этого обстоятельства мы бы имели дело с присоединительной конструкцией, сравним: Каждый день в этом месте уровень океанских вод поднимается и снижается, причем на несколько метров.

Выбор предлога зависит от смысла: на Сицилию (на остров) и в Сицилию (если нужно подчеркнуть, что речь идет об административной единице – регионе Италии, ср.: в Пьемонт, в Тоскану). В приведенном Вами примере, видимо, стоит выбрать предлог на (бежал на остров).

Кавычки нужны. 

Оборот с предлогом несмотря на, стоящий не после глагола, обособляется, поэтому запятая в любом случае нужна. Второе тире при пояснительном обороте от рубок до создания лесных культур (он поясняет сочетание всех аспектов деятельности) опускается: Несмотря на значимость в лесном хозяйстве всех аспектов деятельности — от рубок до создания лесных культур, именно долгосрочное планирование определяет будущее отрасли.

Эти слова различаются по значению. Рыбий – 1) принадлежащий рыбе: рыбья чешуя, рыбий хвост, рыбий жир (жидкий жир из печени тресковых рыб); 2) бесстрастный, холодный ('как у рыбы'): рыбьи глаза, рыбья натура (холодная натура). Рыбный – 1) относящийся к рыбе, связанный с ней: рыбный запах, рыбная промышленность; 2) приготовленный из рыбы, с рыбой: рыбный суп, рыбные котлеты, рыбные пироги; 3) богатый рыбой: рыбные места.

Конструкция (и) зря, что используется в разговорной речи и в художественных текстах, например: Когда срываешь масленок, или сыроежку, или даже рыжик, не приходит в голову понюхать его, втянуть в себя острый и тонкий аромат гриба, бог весть где найденный им в земле и собранный на хранение. И зря, что не приходит в голову, ибо очень душист масленок, прекрасно пахнет рыжик, благоухает опенок, поражает запахом шампиньон. [Владимир Солоухин. Третья охота (1967)]. 

Да, слова Родина, Отчизна, Отечество пишутся с прописной буквы в особом стилистическом употреблении (в тех контекстах, где этим словам приписывается особый высокий смысл). В таких сочетаниях, как малая родина, родина первого космонавта и т. п., правильно, конечно, со строчной. Можно сослаться на словари («Русский орфографический словарь» РАН, словарь В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?»), где указывается: родина, -ы и (высок.) Родина, -ы, отечество, -а и (высок.) Отечество, -а.

Да, словари русского языка (см., напр., «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова) подтверждают, что у сочетания красная рыба есть устаревшее значение «рыба сем. осетровых (белуга, осётр, севрюга и др.)». Однако в современном русском языке красной рыбой называют рыбу семейства лососевых с мясом розовато-оранжевого цвета (сёмга, форель, кета и др.), что тоже подтверждается словарями. Т. е. формулировку в кулинарной книге можно уточнить: изначально красной рыбой назывались не лососевые... Но сейчас для носителей русского языка красная рыба – не осётр, а лосось.