Запятые в скобках не нужны, однако возможны, если воспринимать часть с учетом истории изменения организации и должности пользователя как уточнительную конструкцию.

Две точно есть.

Да, точка не нужна.

В этом случае приложение единственного участника ООО «Лютик» предшествует определяемому слову (сочетанию) ООО «Ромашка». Такие приложения отделяются одиночным тире, второе тире при этом опускается (см. примечание 3 к параграфу 19.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя): Определить долю единственного участника ООО «Лютик» — ООО «Ромашка» после распределения в размере 100 % уставного капитала ООО «Лютик».

Слово чайник обозначает не только неопытного водителя, но и вообще профана, новичка в каком-либо деле. Чайником может быть начинающий пользователь компьютера, спортсмен-любитель и т. п. Происхождение такого значения слова чайник в доступных нам словарях не указано (отмечено лишь, что слово это происходит из арго – соответственно спортсменов, водителей и т. п.).

Интересную версию предлагает русская «Википедия» (не можем эту версию подтвердить или опровергнуть): «Термин пришёл из альпинизма. Чайником опытные альпинисты называют новичка, совершившего своё первое восхождение на вершину горы. Как правило, такие люди первым делом не совершают нужные действия по обустройству лагеря, а позируют фотографам, упирая одну руку в бок, а другую отставляют вбок, опирая на ледоруб, лыжную палку и т. д., отчего их силуэт сильно напоминает чайник. Таким образом, термин "чайник" не имеет ничего общего с умственными способностями человека, а говорит лишь о неопытности».

Существительное чертог употребляется в высоком стиле и имеет значение "пышное великолепное помещение; роскошное здание или дворец". Это значение нельзя назвать положительным или отрицательным. Однако нельзя не согласиться с Вами в том, что в толкование этого слова стоило бы добавить и более широкое значение "вместилище": Эти чертоги страданій и смерти [А. П. Башуцкій. Гробовой мастеръ (1841)]; Жизни, преображающей чертоги пыток в чертоги таинственных, сладостных утех [Ф. К. Сологуб. Королева Ортруда (1909)]; Любить жену — чертог разврата, Любить изменницу свою… [Кладбищенская литература (от нашего астраханского корреспондента) (19.04.1912) // «Русское слово», 1912]; ...он пятился в приветливый чертог гардероба дальше и дальше от старика [Александр Снегирев. Зимние праздники // «Знамя», 2012] и т. п. Именно таково было первоначальное значение заимствования чертог в русском языке. 

Употребление слов супруг и супруга в обычной речи не приветствуется, но не столько из-за того, что будто бы свидетельствует о каком-то делении на «высшие» и «низшие» касты, сколько из-за того, что такое употребление противоречит стилистической норме современного литературного языка, придаёт речи манерность, некоторую слащавость и квалифицируется рядом лингвистов как проявление «речевого мещанства».

Раньше слова супруг и супруга таких стилистических оттенков не имели, ср. строки из «Евгения Онегина» (стихи Ленского к Ольге):  «Сердечный друг, желанный друг, Приди, приди: я твой супруг!..». Однако в современной речи слова супруг и супруга носят официальный характер (в официальной хронике можно встретить такое сочетание: супруга президента посетила...).  В обычной же речи корректно употребление слова супруги во множественном числе по отношению к паре: молодые супруги, супруги Ивановы. А вот в единственном числе в обычной речи употребление этих слов расценивается как дурной тон: таких выражений, как мы с супругой (супругом), мой (моя) супруг (супруга) следует избегать и говорить мы с мужем / женой, моя (мой) жена (муж).