Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

После слов тем не менее можно поставить тире (как интонационный знак).

После слова уважаемый в конструкциях типа Уважаемый Сергей Петрович! запятую ставить нельзя: слово уважаемый входит в состав обращения.

После слов с уважением в конце письма запятая обычно ставится: это связано с европейской эпистолярной традицией.

Запятая нужна. Судя по расположению, слова из кустов относятся только к первой части сложного предложения.

Да, возможно. Можно обозначить сокращение в тексте: (далее - Центр).

Обстоятельства, выраженные наречиями, не обособляются. Например: Сегодня хорошее утро. А вот вводные слова выделяются запятыми и в начале, и в середине, и в конце предложения. Правильно: Вернее, доброе утро.

Правильная форма дательного падежа: Наталии (от Наталия) и Наталье (от Наталья).

Запятая не нужна: сочетание при этом не вводное.