Буквы могут обозначать гласные и согласные звуки, в связи с этим в разговорной речи они могут называться гласными и согласными. 

Оба варианта корректны.

Предлоги могут повторяться, если нужно логически выделить каждое слово в ряду, но могут и не повторяться, если необходимо подчеркнуть смысловую близость однородных членов. 

Суффиксы -н- и -альн- имеют значение ‘свойственный тому, что названо производящим существительным’. Относительные прилагательные с суффиксом -н- стилистически нейтральны, суффикс -альн- (особенно в сочетании с иноязычными основами существительных) характерен прежде всего для книжной речи, в частности для научной терминологии. На выбор суффикса могут влиять фонетические причины: например, суффикс -н- не используется после основ на гласный, а -альн- не имеет таких ограничений, ср.: комплексный, гротескный, но гениальный, индивидуальный, азимутальный, ортодоксальный. Таким образом, после основ на согласный в научном стиле речи могут использоваться оба суффикса.

Обычно прилагательные с суффиксами -н- и -альн- являются синонимами, например: синусоидальный / синусоидный, сфероидальный / сфероидный и др. Однако в рамках той или иной научной дисциплины или школы может существовать традиция выбора одного из синонимов в качестве рекомендуемого или ограничения на сочетаемость каждого из синонимов. Поэтому для корректного употребления слов с этими суффиксами необходимо обращаться к терминологическим словарям.

К сожалению, в словарях по минералогии слова фрамбоидный и фрамбоидальный не зафиксированы. Поиск в Яндексе показывает, что в научных работах используются оба прилагательных. В этом случае следует обратиться к авторитетным работам, связанным с изучением фрамбоидов, чтобы определить, какой из терминов предпочтительнее в различных контекстах. Возможно, эти слова употребляются как полные синонимы, но подтвердить это могут только специалисты по минералогии.

Слова как предметом залога не сравнительный оборот в данном случае. Однако они могут иметь дополнительное значение причины ("поскольку квартира является предметом залога, она обеспечивает исполнение обязательств") и поэтому могут выделяться запятыми.

Установить, являются ли определения однородными, можно только в контексте. Слова в приведенных парах вне контекста могут быть восприняты как неоднородные, но в художественном тексте они могут сблизиться по значению и оказаться однородными. 

Прилагательные серый и туманный вполне могут быть однородными, поскольку они оба характеризуют состояние атмосферы: серый, туманный день; серый и туманный день. Прилагательные загадочный и теплый вряд ли могут быть объединены каким-либо общим признаком.