Использование или неиспользование скобок при этих идентичных по функции сочетаниях диктуется их грамматическими особенностями. Сочетание именуемый далее Заказчик грамматически связано с базовой частью предложения — представляет собой согласованное определение к имени, частью конструкции NN, именуемый далее Заказчик (согласование — синтаксическая связь, при которой зависимое слово уподобляется главному в его морфологических признаках). Сочетание далее — Договор представляет собой неполное предложение, восстанавливаемое как Далее он именуется/называется Договор (наречие далее здесь обстоятельственный детерминант), оно употребляется внутри конструкций типа заключили настоящий Договор на оказание услуг (далее — Договор) о нижеследующем и грамматически не связано (ни падежными формами, ни как-либо еще) с базовой частью предложения.

И в старых «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 г., и в современных «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина обсуждаемые корни приведены в виде рас(т), рос(т). Школьный вариант раст, рос диктуется, видимо, какими-то методическими соображениями, но он неточен. Корень рас с буквой а встречается в инфинитиве расти и приставочных производных от него: врасти, взрасти, возрасти, вырасти, дорасти, зарасти, нарасти, обрасти, отрасти, перерасти, порасти, подрасти, прирасти, прорасти, произрасти. То, что в инфинитиве именно корень рас, видно в имеющих ту же основу формах прошедшего времени, где т отсутствует: расти — рос и т. п.

Да, эти выражения плеонастичны. Но не следует думать, что плеоназм всегда является ошибкой, — иногда он становится средством выразительности.

См., например, в «Словаре литературоведческих терминов» С. П. Белокуровой:
ПЛЕОНАЗМ — (от греч. pleonasmos — излишество) — разновидность речевой избыточности: повторение в тексте близких по смыслу и потому ненужных слов и оборотов речи, употребление лишних обстоятельств или определений (предчувствовать заранее, повседневная обыденность). В художественном тексте — стилистическая фигура, средство усиления выразительности речи, например: И мы плывем, пылающею бездной // Со всех сторон окружены (Ф. И. Тютчев). Употребление экспрессивно окрашенных плеонастических сочетаний характерно для фольклора (грусть-тоска, путь-дороженька, море-окиян).

Судя по приведенным Вами ссылкам, "многие современные и старые словари" - это 22-е издание "Толкового словаря русского языка" С. И. Ожегова (и издание 1992 года)?

Но в этом словаре у "похудания" совсем иное значение - "появление худобы" (пример - болезненное похудание), а не "диета". Что оправданно.

В предложении о ноже с точки зрения русского языка возможны оба варианта. Только глагол пронизывал здесь не подходит; пронзал — верный. Что касается образов, то это, возможно, вопрос не совсем в "Справку". Но заметим, что и маятник, и коса движутся по горизонтали. Если нож движется по вертикали, то такие сравнения могут сбить читателя с толку.

В предложении о руке сравнение лучше поставить после прилагательного: Он взмахнул своей огромной, словно булава, рукой, намереваясь что-то сказать... Что касается сравнения, то примерная длина рукояти булавы, если верить "Википедии", — от 50 до 80 сантиметров. Длина руки человека среднего роста — около 70 сантиметров. Получается, у героя не такая уж и огромная рука.

Рекомендаций для подобных случаев в справочниках по правописанию пока нет. Из предложенных Вами вариантов лучше второй. Он выглядит диковинно, но не искажает названия, как в первом варианте. Однако более предпочтительным представляется написание без знака препинания: А ты «Мертвые души» то читал?  Когда приставка или часть сложного слова, требующая слитного написания, присоединяется к словосочетанию, она пишется раздельно. Ср.: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области. Это правило можно распространить и на написание постфикса то, присоединяемого к словосочетанию. 

Спасибо за очень интересный вопрос. Мы передадим его в Орфографическую комиссию РАН.

Уточняем ответ на Ваш вопрос. К сожалению, полный академический справочник "Правила русской орфографии и пунктуации" регламентирует написание кратких форм только для отглагольных прилагательных:

§ 101. Краткие формы (кроме формы мужского рода) прилагательных с качественным значением, совпадающих по форме со страдательными причастиями прошедшего времени глаголов совершенного вида, пишутся с нн, напр.: воспитанна, воспитанно, воспитанны (от прилагательного воспитанный 'обнаруживающий результаты хорошего воспитания'); избалованна, избалованно, избалованны (от прилагательного избалованный 'привыкший к исполнению своих прихотей'); возвышенна, возвышенно, возвышенны (от прилагательного возвышенный 'полный высокого содержания'). Такие прилагательные имеют формы сравнительной степени: воспитаннее, избалованнее, возвышеннее.

Отметим, что на отыменные прилагательные фактически распространяется то же правило (это не отражено в справочнике, что странно).

В русском языке такого различия в значении нет.

Большой толковый словарь

Действительно, одно из основных правил переноса звучит так: нельзя отделять гласную букву от предшествующей согласной, если это согласная – не последняя буква приставки. Например, недопустим перенос кам-ин, див-ан (правильные переносы: ка-мин, ди-ван), но допустим перенос без-аварийный.

Однако сочетания гласных можно разделять переносом. Перенос во-ин не противоречит правилам, поскольку: а) переносится часть, составляющая слог и б) гласная не отрывается от согласной.

Что касается переноса фо-йе, то он действительно недопустим: не разрешается отделять переносом букву Й от предшествующей гласной буквы. Слово фойе вообще не переносится. Между словами фойе и воин есть большая разница, ведь Й – согласная буква, а не гласная.

Подробно о правилах переноса см. здесь.