С синтаксической точки зрения во всех случаях перед нами конструкция с придаточным что захочешь / что хочешь. Утверждение об идиоматичности выражения всё(,) что хочешь может быть подвергнуто сомнению. Стоит, правда, обратить внимание на то, что в вопросах, заданных Справочной службе, фигурируют разные глаголы: хотеть и захотеть. Первый из них, несовершенного вида, обладает гораздо большей употребительностью, чем второй. Поэтому всё(,) что хочешь было бы легче признать идиомой, чем всё(,) что захочешь, — если бы не одно препятствие. Дело в том, что в этих выражениях идиоматичности ровно ноль: их смысл полностью соответствует смыслу компонентов, из которых они состоят. И в этом их существенное отличие от всё что угодно / что душе угодно / что душа пожелает: используя эти выражения, говорящий не думает ни о какой душе и даже ни о какой-либо угодности кого-л. / чего-л. кому бы то ни было. Поэтому выражения этой серии можно признать идиомами, а выражения с глаголами хотеть / захотеть — нет. Вывод: запятая в примерах, фигурирующих в вопросах, нужна.

Внятный критерий, который следует учитывать, решая вопрос о постановке/непостановке запятой в выражениях такого типа, — наличие идиоматичности. Только она может отменить запятую в сложноподчиненной конструкции. А наличие идиоматичности выявляется путем проверки на композициональность семантики. Если смысл выражения равен сумме смыслов его компонентов, то его семантика композициональна, идиоматичности нет. Если же семантика некомпозициональна, то можно говорить об идиоматичности.

Знаки препинания при оформлении перечней регламентированы в особом разделе «Правил русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Здесь можно найти ответы на заданные вопросы.

В этом случае наблюдается обычное разделение однородных определений запятой: в густом, местами непроходимом кустарнике.

Правильно: Паулем Нипковом. Иностранные фамилии на -ин, -ов имеют в творительном падеже окончание -ом, ср.: Дарвином, Гершвином, Чаплином.

Правильно: рядом с Пулковом. Географические названия на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно) имеют в творительном падеже окончание -ом.

Правильно: ...в ряде городов-миллионников.

Да, запятую ставить нужно.

Слово котерапевт не зафиксировано нормативными словарями русского языка, но все слова с приставкой ко- пишутся слитно.

Верно: над Плещеевым озером. Окончание -ом в творительном падеже характерно для топонимов-существительных на -ов (-ев), -ово (-ево), -ин, -ино (-ыно). В названии Плещеево озеро слово Плещеево является прилагательным, поэтому упомянутое правило к нему не относится.