С названием Пхукет чаще употребляется предлог на (очевидно, поскольку это остров), однако и предлог в довольно частотен (возможно, поскольку это еще и провинция, а также город).

Запятая нужна, и она должна быть парной: необходимо выделить весь оборот в соответствии с пунктом 7 протокола совещания об оборудовании автодорожной и железнодорожной составляющих транспортного перехода через Керченский пролив системами пожаротушения с забором воды из акватории Керченского пролива от 16 ноября 2020 г. Прочитать о постановке знаков препинания в при оборотах с непервообразными (производными) предлогами можно в «Справочнике по пунктуации».

К трем возможным вариантам добавим еще один: принять меры с целью устранения нарушений. Предполагаем, что исполнители пишут исключительно о целевом назначении принимаемых мер. Предлоги в названных вариантах способны указать на такую смысловую связь слов меры и устранение. Вывод: в деловой речи обсуждаемые варианты словосочетаний допустимы, при этом они могут восприниматься в качестве синонимичных (частотным представляется вариант с предлогом по). Если исполнители подразумевают иные нюансы смысловых связей между словами меры и устранение, то следует предпочесть не лаконичные конструкции с существительными, а обороты с глагольными формами, уточняющими необходимые смысловые нюансы; ср.: принять меры, направленные на устранение / обеспечивающие устранение / позволяющие устранить / устраняющие.

Краткие причастия (как правило, с зависимыми словами) пишутся с одной Н: решение было обосновано (мотивировано) острой необходимостью. Краткие прилагательные (без зависимых слов) - с двумя Н: решение (каково?) обоснованно и мотивированно.

В указанных местах необходимы запятые по правилу обособления несогласованных определений, относящихся к именам собственным и личным местоимениям (см. пункты 1 и 3 параграфа 18.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Обратите внимание, что в первом предложении пояснительный оборот нужно отделить с помощью тире, а не двоеточия, а в составе количественного числительного склоняются все части, включая сто: И вообще, мы с Денисом весим одинаково — девяносто килограммов. Только, с его почти двухметровым ростом, Деня кажется дрыщом, а я, со своими ста шестьюдесятью сантиметрами, выгляжу форменным колобком.

Тире допустимо как интонационный знак. Обратите внимание: в Вашем предложении насчет является предлогом и должно быть написано слитно. 

Предлог из антонимичен предлогу в, а предлог с – предлогу на. Шри-Ланка – государство, расположенное на острове. Поэтому выбор предлога зависит от значения: на Шри-Ланку (со Шри-Ланки) – на остров (с острова), в Шри-Ланку (из Шри-Ланки) – в государство (из государства).

Второй и третий варианты согласованы корректно.