Понятие уточнения комплексное, сочетает в себе смысловой и коммуникативный аспекты, то есть касается как передачи соотношения понятий, так и интонационного выделения (акцентирования) каких-либо слов и сочетаний, выражающих эти понятия. Различие между вторым и третьим примерами состоит в том, что в одном из них вначале названо более широкое понятие (словоформой в университете), затем более узкое (словоформой в библиотеке), в другом — наоборот. Это влечет за собой различия в функциях второй словоформы: если во втором примере перед нами классический случай сужения понятия и вторая словоформа служит уточняющим обстоятельством, то в третьем примере словоформа в университете играет роль несогласованного определения к существительному библиотека.

Первый и четвертый примеры различаются тем, какие сочетания в них интонационно выделены, — в зависимости от этого меняются смысловые отношения между сочетаниями. Имеет значение также позиция обстоятельств в предложении. В первом примере конечная позиция сочетания в библиотеке при университете (к слову, это сочетание существительного с несогласованным определением) говорит скорее о том, что это сочетание несет на себе логическое ударение и содержит важную, а не дополнительную, попутную информацию. Такое может происходить, например, если место работы не единственное, сравним: Она была на работе в библиотеке при университете, а не в лаборатории. Если же общий контекст диктует автору поставить логическое ударение на словоформу на работе, а сочетание в библиотеке при университете представить как уточнение, ему ничто не мешает это сделать: Она была на работе, в библиотеке при университете. В четвертом примере словоформа в офисе находится в позиции уточняющего обстоятельства. Однако в более широком контексте, например при сопоставлении, это может оказаться не так, сравним: На работе в офисе он постоянно дремал, а на работе в университете иногда бывал энергичным — здесь в офисе невозможно счесть словоформой, несущей попутную информацию, и выделить запятыми.

Как видим, при решении, является ли какое-либо слово (сочетание) уточняющим по отношению к другому слову (сочетанию), нужно учитывать и смысловые отношения между этими сочетаниями, и общий контекст предложения.

Сочетание пока не отражено в академическом орфографическом словаре. Предварительная рекомендация — писать его раздельно. Оно входит в ряд сочетаний: контекстно независимый, ресурсно независимый, экспортно независимый.  

Согласимся с Вами. Есть основания выделять в этом слове корень -пыт-. Всё зависит от применяемых принципов морфемного анализа.

Верно: Довести до сведения подведомственных организаций.

Орфографический словарь

Такая форма возможна и используется для обозначения длительного действия в будущем. Форма широко употребляется, в том числе в художественной литературе.

Например: Ты будешь идти по лесу долго, несколько часов, но пройдешь всего пять-шесть километров.

Возможны варианты. Предпочтительно: не превышать цены, не превышать десяти процентов, не подано ни одной заявки.

Выражение "углубление знаний" вполне корректно, а вот оборот "знания по работе с... системами" не годится.

Запятая поставлена верно.

Да, достаточно просто коллега. Сочетание коллега по работе лексически избыточно.