Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения, то оно не отделяется от него знаком препинания, то есть запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом. Запятая после по сути не требуется.

Слово действительно может быть выделено как вводное, если оно выражает уверенность говорящего в сообщаемом, употребляется для подтверждения, признания правильности сказанного ранее. Если действительно выступает в роли члена предложения в знач. 'на самом деле; подлинно', запятые не нужны. Решение принимает автор текста.

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: «Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь» (Полонский) и «Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу» (Фет).

Ситуация неоднозначная. Полагаем, что лучше запятую не ставить, рассматривая данное сочетание как соединение двух фразеологизмов (ср.: око за око, зуб за зуб). Все компоненты фразеологизма в пунктуации учитываются как один член предложения; соответственно, два члена предложения, соединенные союзом и, запятой не разделяются.

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: "Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь" (Полонский) и "Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу" (Фет).

Деепричастный оборот не обособляется, если выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством. Однако в Вашем случае обстоятельство в связи с вышеизложенным может обособляться. Кроме того, запятая требуется для смыслового выделения достаточно длинного деепричастного оборота. Поэтому мы рекомендуем поставить запятую после слова дисциплины.

Слово можно относят к особому лексико-грамматическому классу – предикативам. Это слова со значениями долженствования, необходимости, возможности, выступающие в функции главного члена односоставного предложения. Предикативы могут рассматриваться как особый класс наречий. Подробнее о них можно прочитать в учебнике «Русский язык: краткий теоретический курс для школьников» или в «Русской грамматике».

Запятые не нужны. Если два однородных члена предложения с союзом и образуют тесно связанную по смыслу пару, соединенную союзом и с третьим однородным членом, запятые не ставятся: На огромном расстоянии разлёгся город и тихо пламенел и сверкал синими, белыми, жёлтыми огнями (парная группа пламенел и сверкал).

Корректно: В ответ на письмо В.М. Борисова и принимая во внимание письмо Ю.В. Александрова направляю Вам для подписания договор, скорректированный с учетом замечаний ранее перечисленных лиц.

Запятая после деепричастного оборота не ставится, так как деепричастный оборот выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством.