Да, неприятная ситуация... А нет возможности воспользоваться другой компьютерной программой, которая не расставляет автоматически падежи? Учителям можно предъявить печатное издание – например, «Словарь русских личных имен» А. В. Суперанской (хочется надеяться, что учителям русского языка знакома эта фамилия), на последних страницах которого (в изданиях 2004, 2006 г. и др.) приведены правила склонения имен, отчеств и фамилий.

1. Пишутся через дефис сочетания с частицами -де, -ка, -те, -то, -с, примыкающими к предшествующим словам, напр.: Говорит, он ничего-де не знает. Ответь-ка на вопрос. Чёрт-те что! Уж она-то знает, в чём дело. Знать-то она знает. Ночь-то какая! Где-то он сейчас, как-то ему живётся? Всё да да нет; не скажет да-с / Иль нет-с (П.).

То в составе союзов будь то и как то пишется отдельно от предшествующей части.

2. Пишутся через дефис сочетания с частицей -таки, следующей за словом, к которому она относится:

а) за сказуемым (выраженным не только личной формой глагола, но и другими способами), напр.: Он приехал-таки вовремя; Вопрос решён-таки положительно; Он рад-таки её приезду;

б) за неличной формой глагола (причастием или деепричастием) не в составе сказуемого, напр.: преступник, сумевший-таки скрыться; фильм, показанный-таки по телевидению; он выступил, сказав-таки всё, что хотел;

в) за наречием: довольно-таки, наконец-таки.

Частица таки, пишется раздельно, если предшествует слову, к которому она относится (обычно сказуемому), напр.: Он таки приехал вовремя (таки относится к слову приехал).

Нормативными словарями зафиксированы только формы безделье и внимание — как основные и стилистически нейтральные варианты. Это вовсе не означает, что формы безделие и вниманье ошибочны — однако их употребление должно быть связано с особыми условиями. Например, в поэтических текстах и текстах разговорного характера вариант вниманье нередок: Благо̀дарю̀ за дѐтскиѐ стихѝ. / Не за̀ внима̀нье во̀все, за̀ терпѐнье [Б. Б. Рыжий. «Благодарю за все. За тишину…» (03.1996)]; Навлеку на себя поневоле пристальное вниманье: и кто-й-то это у нас там все ползает, чего-й-то он взялся красиво корячиться?! [Валерий Володин. Повесть временных лет // «Волга», 2011]  и т. п. Ср.: А уж потом погляжу между строк / (так, от безделия), / как они лягут тебе на зубок, / эти изделия [Б. Ш. Окуджава. «Красный снегирь на июньском суку…» (1979-1980)]. Иногда формы отглагольных существительных на -ение и -енье отличаются по значению. Например, обозначают процесс и продукт: варение (процесс) и варенье (продукт), копчение и копченье, соление и соленье и др.

На практике можно руководствоваться таким принципом. Частицы - служебные части речи; они не являются членами предложения, к ним не задаются вопросы от других членов предложения. С местоимениями все иначе: они выступают как полноправные члены предложения.

Наконец, в случае сомнений нужно заглянуть в словарь. Там обычно есть подсказки:

1. ЭТО. частица.
1.
Усиливает вопросительное местоимение или наречие, а также другие отдельные слова в предложении. Кто это пришёл? Куда это ты идёшь? Ведь это я тебе звонил.
2. (при сказуемом, выраженном сущ., инф. или предикат. нареч.).
Употр. как связка. Музыка - это блаженство. Руководить - это быть всегда впереди. Путешествие - это всегда интересно.

2. ЭТО. I.
1. местоим. сущ.
к Этот.
2.
Употр. как указательное слово на границе двух предложений, из которых второе является объяснением, истолкованием первого. Рентген был известный физик, это он открыл гамма-излучение. II. это, этого; ср.
1.
То, о чём говорится в предшествующем или последующем предложении. Экономический кризис - об этом пишут все газеты.
2.
Всё то, что было перечислено в предшествующей речи. Музыка, голоса - всё это сливается в общий шум. Пляж, море, танцы - это мне знакомо.

Дано окончание -ем, а не -ём, окончание не выделено как ударное, это значит, что правильно под Саракташем.

При образовании слов, начинающихся с и, при помощи приставок иноязычного происхождения гипер-, дез-, интер-, контр-, пост-, суб-, супер-, транс- буква и на ы не заменяется, напр.: гиперинфляция, дезинформация, дезинтеграция, контригра, постимпрессионизм, постинфарктный, субинспектор. Поэтому правильно: субинститут.

Всё зависит от типа текста: рассказывая о своем предке, Вы, разумеется, вправе называть его Тимофеем Михайловичем, однако при цитировании официальных документов должны приводить оригинальную форму записи. 

Форма творительного падежа фамилии Гринь — Гринем.

Грином — форма творительного падежа фамилии Грин.

Полагаем, Ваш вопрос выходит за рамки "справочного" жанра. В целом считаем Ваши рассуждения верными.