Оба словаря являются авторитетными изданиями, отражающими современную письменную норму. Вы можете ссылаться на любой из них: не думаем, что в рекомендациях этих словарей Вы найдете большое количество разночтений (если они и обнаружатся, то, скорее, будут касаться недавно заимствованных слов, очень часто испытывающих колебания в написании). Все авторы включенного в список Минобрнауки орфографического словаря принимали участие и в работе над «Русским орфографическим словарем» под ред. В. В. Лопатина: Бронислава Зиновьевна Букчина – один из авторов 1-го издания словаря (1999), Людмила Константиновна Чельцова – один из авторов и 1-го, и 2-го издания (2005), Инна Кузьминична Сазонова – один из рецензентов «Русского орфографического словаря».

Таким образом, принципиальной разницы – на какой словарь ссылаться – нет: авторский коллектив фактически один и тот же. Впрочем, если Вы корректируете официальный документ, имеет смысл указывать словарь Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой, т.к. в приказе Минобрнауки речь идет о словарях, в которых содержатся нормы русского языка как государственного. В повседневной редакторско-корректорской практике рекомендуем Вам пользоваться «Русским орфографическим словарем»: его словник полнее и включает в себя многие слова, недавно заимствованные русским языком и вызывающие особые трудности в написании.

Вы правы, запятая не нужна. Союз и соединяет два сказуемых (был закопан и сохранился), относящихся к одному подлежащему — который.

Название сосуда для вина – кратер, с ударением на последнем слоге.

Устойчиво в языке только: загладить вину (но не в юридической практике!).

Возможные варианты: второе июня тысяча девятьсот восемьдесят шестого (года); второе шестого тысяча девятьсот восемьдесят шестого.

К сожалению, дать общий совет, не видя текста, затруднительно. С чем именно не согласен редактор?

Это пояснительная конструкция, внутри неё знаки не нужны. Например: Ваня, он же Иван, расскажет вам об этом.