Корректно: ...с наилучшими пожеланиями, коллектив ООО "Ромашка".
Найти такие слова, действительно, непросто. Это связано с тем, что имена существительные, оканчивающиеся на -е, – это либо обычные существительные среднего рода (море, солнце, сердце, честолюбие), либо слова мужского рода с экспрессивными суффиксами (носище, усище, голосище), либо несклоняемые слова иноязычного происхождения. В подавляющем большинстве такие слова тоже относятся к среднему роду (биде, драже, безе, саке, реле, божоле, кабаре, купе и т. п.), слов мужского и женского рода среди них единицы.
Мужской или женский род несклоняемые слова иноязычного происхождения приобретают только в тех случаях, когда к такому же роду относится русский синоним или слово, обозначающее родовое понятие, а также в тех случаях, когда они называют лиц или животных мужского (женского) пола. Так, к мужскому роду относятся слова атташе, конферансье (названия профессий – традиционно слова мужского рода), мсье, падре (названия лиц мужского пола). Медресе – существительное среднего рода. К женскому роду относятся слова протеже, кутюрье (если обозначают лиц женского пола), шимпанзе (если обозначает самку животного), цеце (влияние слова муха), биеннале (в значении 'выставка').
Заметим, что именно по указанным выше причинам такие трудности вызывает слово кофе. Это слово (несклоняемое нарицательное существительное иноязычного происхождения) самой системой языка втягивается в парадигму среднего рода, хотим мы того или нет. Мужской род (появившийся под влиянием прежних форм кофий, кофей) пока еще поддерживается традицией (и охраняется словарями), пока еще употребление слова кофе как существительного среднего рода допустимо лишь в непринужденной разговорной речи, но налицо все предпосылки для окончательного перехода кофе в разряд слов среднего рода (возможно, это случится через столетие, возможно, раньше).
В таком случае надо выбрать вариант уплатить за проезд. Уплатить без предлога употребляется только со словами, так или иначе обозначающими некую сумму денег: уплатить долги, уплатить штраф, уплатить взнос. Сочетание уплатить проезд неправильно.
Узуальное (общераспространенное) слово с таким значением нам не известно, что, впрочем, не исключает существования какого-либо специального социологического или психологического термина с близкой, возможно обобщенной, семантикой. Если рассматривать представленный Вами список, то ни одно из слов не показалось приемлемым, ясным по значению.
Нет необходимости заключать слово выпускной в кавычки и писать его с прописной буквы. Употребление предлога корректно.
Полагаем, что лучше выбирать из двух последних вариантов. Написания с черточкой могут восприниматься в значении 'первая группа' (ср. Новый сайт обошел сильных конкурентов и попал в топ-1 за два месяца). Два последних варианта однозначны.
Сокращение г. в скобках опускается не всегда, а при определенных условиях. См. об этом в ответе на вопрос № 302646. Если в скобках есть слова, то сокращение или полное слово нужно оставлять, например: (написан в 1968 году), (26 апреля 2015 г.), (с 2005 г.).
О студентах университета можно сказать «обучающиеся». Употребление слова «учащиеся» также не будет некорректным.
Единого ГОСТа оформления учебных пособий не существует. Правила определяются внутри редакционно-издательского отдела учебного заведения.
Вы правы, в подобных конструкциях с указательным местоимением возможны варианты пунктуации. Д. Э. Розенталь приводит такой пример: Вон тот высокий вырвался вперёд — Вон тот, высокий, вырвался вперёд.
Современными правилами подобное оформление предложений не предусмотрено, его можно считать устаревшим.