Можно обратиться к различным справочникам по делопроизводству. Логика понятна: в тексте договора одна из сторон - именно директор, т. е. важна должность, а не фамилия.

Сочетания Алая роза и Белая роза используются как условные наименования противоборствующих сторон, т. е. выступают в роли имен собственных. Ср.: Война Севера и Юга (в США).

Оба варианта неудачны. Лучше всего разделить предложение на два. Тогда в первом можно поставить или двоеточие, или тире: 

Спасибо тебе от всех: от Петрова, от Сидорова, от Иванова. Спасибо за прекрасную работу!

Спасибо тебе от всех – от Петрова, от Сидорова, от Иванова. Спасибо за прекрасную работу!

Здесь применимо такое правило. Допустимо используемое в современной практике печати при всех позициях обобщающих слов употребление тире , в том числе – перед перечислением (на месте традиционного двоеточия).

Ваши рассуждения верны: определения прекрасные и заповедные действительно характеризуют место с разных сторон: красота и труднодоступность. Они не являются однородными и не разделяются запятой. Но запятую всё-таки можно поставить — если рассматривать заповедные как пояснительное определение к слову прекрасные (прекрасные, а именно заповедные, т. е. красота мест обусловлена их нетронутостью). Такое пунктуационное оформление предполагает и соответствующую интонацию.

Да и сейчас называют — присоединительная конструкция, которая выделяется запятыми с двух сторон: Черной магой в селах на Донбассе называли, да и сейчас называют, черную монашескую мантию. 

Эти прилагательные характеризуют грунт с разных сторон — со стороны устойчивости к промерзанию и к замачиванию водой соответственно. Следовательно, это неоднородные определения, между которыми не нужна запятая. 

Между однородными сказуемыми находится придаточное предложение что не желает оскорблять ушей учёного немца, которое выделяется запятыми с двух сторон. Запятая перед союзом и закрывает это придаточное предложение.