В справочниках по правописанию традиционно говорилось о различном пунктуационном оформлении оборотов с предлогом кроме в зависимости от того, имеет ли он значение исключения или включения (раньше обороты с предлогом кроме со значением включения знаками препинания не выделялись). Авторы процитированного Вами справочника, видимо, обнаружили подобную тенденцию и у оборотов с предлогом помимо (близком по значению к кроме).

Однако в настоящее время, как указывает полный академический справочник «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006), различия в значениях оборотов со словом кроме не сказываются на пунктуации: и в том и в другом случае предусмотрено выделение запятыми. По этой причине сейчас нет смысла рекомендовать отражать на письме и различия в значениях оборотов с предлогом помимо (включение или исключение). Но важно разграничить употребление помимо в этих значениях и в значении 'не принимая во внимание что-либо, вопреки чему-либо', что и сделано в нашем справочнике.

О неодушевленных предметах можно сказать стоят бок о бок. Ср. с примером из «Большого толкового словаря» под ред. С. А. Кузнецова: Бок о бок, в зн. нареч. 1. Совсем близко, вплотную друг к другу. Дома стоят бок о бок.

Обратите внимание: флаги развеваются.

Это крылатое выражение из «Евгения Онегина» А. С. Пушкина (глава 8, XLVII). Слова Татьяны Онегину: «А счастье было так возможно, // Так близко!.. Но судьба моя // Уж решена...». Популярности выражения способствовала опера П. И. Чайковского «Евгений Онегин». Эти слова Татьяны – фрагмент заключительной картины оперы.

Запятая нужна. Сочетание аты-баты, задающее ритм считалке, близко к междометию. Оно, как и междометие, не является членом предложения, не связано с другими словами в предложении, имеет самостоятельное интонационное оформление. Отсутствие запятой, полагаем, ошибкой является, однако не такой ошибкой, за которую следует снижать оценку в школе. 

Это слово еще не освоено русским языком, оно имеет узкую сферу употребления, поэтому вопрос о его кодификации пока не стоит. Говорить о правильном написании по отношению к такому слову преждевременно. В соответствии с этимологией его можно писать с двойной согласной — гейммод. Но так как его вторая часть (мод) в русском языке самостоятельно не употребляется, то слово может принять письменную форму в соответствии со звучанием без удвоенной согласной — геймод. На стыке иноязычных морфем иногда происходит упрощение групп согласных. Интересно, что, помимо этого слова, есть еще одно близкое по звучанию «игровое слово», которое в соответствии с правилами следует писать гейм-мод (дополнение к игре). Дефисное написание обусловлено тем, что вторая часть мод в значении 'дополнение, расширение' употребляется самостоятельно (см. описание части гейм в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря»). Если оба слова закрепятся в языке, то, возможно, сработает дифференциальный принцип русской орфографии и слова станут писать так, чтобы они лучше различались: геймод и гейм-мод. 

В «Русской грамматике» 1980 г. явление, представленное в примере, названо «совместность присубстантивных связей»; здесь же, в § 1861, приводятся словосочетания: осмотр больных врачом, путешествие туристов по Волге и т. п. Хотя очередность компонентов, зависимых от существительного, не прописана явно, примеры показывают, что в таких сочетаниях ближе к главному компоненту находятся слова, связанные с ним более сильной связью. В приведенном словосочетании, взятом без учета контекста, более сильной связью с главным существительным пособия связано слово, выражающее принадлежность, более слабой — адресата: учебные пособия Л. В. Игнатьевой для дошкольников. Вместе с тем в условиях контекста сочетание учебные пособия для дошкольников может мыслиться как терминологическое или близкое к терминологическому, и тогда слово, обозначающее принадлежность, будет относиться ко всему этому сочетанию, а не только к существительному пособия: учебные пособия для дошкольников Л. В. Игнатьевой. В этом случае действительно возникает смысловая неоднозначность, о которой Вы пишете, однако в контексте она обычно устраняется.

Корректная пунктуация: Можем ли мы изменить указанный вами приоритет заявки с [Crash, High] на [Medium, Low] в связи с тем, что, согласно описанию приоритетов в договоре о технической поддержке, данная заявка относится к более низкому приоритету? Концовку предложения лучше заменить на ...у данной заявки более низкий приоритет.

Вне всякого сомнения, существительное жизнь может быть употреблено в форме множественного числа. Примите во внимание смысловое различие сочетаний типа спасти жизни и спасти жизнь. Существительное в форме множественного числа приобретает конкретное предметное значение и близко по смыслу выражению живые люди. См. также ответ на вопрос 203116.