Да, кавычки уместны. Они помогут подчеркнуть, что название главы является прямой речью или цитатой, а не авторским текстом. 

Если эти сокращения используются по всему тексту, они могут стоять и в начале предложения.

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

Это термин психологии, его значение лучше уточнить в специализированных словарях. Цитируем словарь "Социальная психология":

Референтность [лат. referens — сообщающий] — отношение значимости, связывающее субъекта с другим человеком или группой лиц. Понятие "Р.", которое впервые применил американский психолог Г. Хаймен, утверждавший, что суждения людей о себе во многом зависят от того, с какой группой они себя соотносят, получило широкое распространение, но это понятие толковалось разными исследователями по-разному. В отечественной психологии в основу его трактовки был положен момент значимой избирательности при определении субъектом своих ориентаций (мнений, позиций, оценок) (Е.В. Щедрина). Отсюда Р. понималась как особое качество личности субъекта, определяемое мерой его значимости для другого человека или группы людей и в том числе выступающее фактором персонализации. В зависимости от ситуации Р. проявляет себя по-разному. Например, объектом референтных отношений для субъекта может выступать группа, членом которой он является, либо группа, с которой он себя соотносит, не будучи реальным ее участником. Функцию референтного объекта может выполнять и отдельный человек, в том числе не существующий реально (литературный герой, вымышленный идеал для подражания, идеальное представление субъекта о себе самом и т. п). Следует различать неинтернализованные отношения Р., когда референтный объект существует реально как внешний объект, определяющий ("диктующий") индивиду нормы его поведения, и отношения интернализованные, когда поведение индивида внешне не обусловливается никакими объектами, а все референтные отношения сняты и "переплавлены" его сознанием и выступают уже как его, индивида, субъективные факторы. Тем не менее и в этой ситуации референтные отношения также имеют место, хотя по форме они более сложны. Р. как качество субъекта или группы существует всегда только в чьем-то восприятии и отражает связи и отношения субъектов; в ней зафиксирована мера значимости данного субъекта или группы в глазах того или иного лица. Специфика Р. заключается в том, что направленность субъекта на некоторый значимый для него объект реализуется посредством обращения (реального или воображаемого) к другому значимому лицу. Таким образом, Р. имеет форму субъект-субъект-объектных отношений, т.е. таких, при которых отношение субъекта к значимому для него объекту опосредствуется связью с другим субъектом. Факт Р. индивида для других членов группы устанавливается с помощью специальной экспериментальной процедуры — референтометрии.

Корректная пунктуация: А во главе праздника, конечно, Дед Мороз – большой, ростом с...

Падежное наращение уместно.