Если в пунктах перечня содержатся слова или сочетания, перечень следует оформлять иначе: пункты обозначаются цифрами со скобками, первое слово в них пишется с маленькой буквы, в конце пунктов ставится точка с запятой. Слова в пунктах следует согласовывать:
...следующих дисциплин:
1) математики;
2) истории;
3) химии.

Здесь слово пожалуйста замещает собой грамматическую основу другой части сложносочиненного предложения с противительными отношениями (прийти могу), то есть мы имеем дело с неполным предложением, составляющим часть сложного предложения. В таких случаях ставится тире, если в месте пропуска делается пауза, и не ставится при отсутствии паузы.

Запятая нужна. Союз и (здесь он значит «и притом») присоединяет третью часть сложного предложения — эллиптическое предложение с пропущенным сказуемым типа представлено (на его месте можно поставить тире, если при чтении возникает пауза). Двоеточие поставлено между частями бессоюзного сложного предложения с отношениями пояснения.

Присоединительную конструкцию в конце предложения лучше отделить тире: Ещё две лежали по сторонам — одна с игрушкой, вторая с телефоном без чехла. Обратите внимание, что в строгой литературной речи в контекстах, в которых речь идет о лицах женского пола, используются количественные, а не собирательные числительные.

В этом предложении однородные определения, стоящие после определяемого слова, имеют пояснительно-конкретизирующее значение и обособляются. Так как они находятся в конце предложения, вместо запятой можно поставить тире: За текущий год обеспечен высокий уровень грамотности, в том числе среди женщин — как городских, так и сельских.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

См. ответ 282774.

В таких случаях действительно следует использовать многоточие: Не хочу... ...умирать; Он думал... ...что остался один.

Согласно правилам пунктуации многоточие ставится: а) в конце фразы для обозначения незаконченности высказывания, вызванной различными причинами (волнением говорящего, внешними помехами и т. д.); б) в начале фразы для указания на то, что продолжается прерванное повествование. 

Мы не выполняем домашние задания.