Запятая перед или ставится потому, что в составе сложноподчиненного предложения союзы ли…или рассматриваются как повторяющиеся;  придаточные части сложноподчиненного предложения, связанные этими союзами, разделяются запятой. В данном случае это придаточные изъяснительные, зависящие от глагола сказать. Запятая после словоформы к экипажу закрывает придаточную часть, тире выражает присоединительные отношения в бессоюзном сложном предложении (последняя часть этой сложной синтаксической конструкции связана с предыдущими бессоюзной связью). 

Если с изменениями действительно относится к приказу, то запятая не нужна. Возможно, с изменениями относится к положению, и в таком случае в тексте возникает сочетание «внести изменения в Положение с изменениями».

Вы правы, составной союз с тем чтобы целиком входит в придаточную часть, которая следует за главной: ...настаивает на необходимости изменения закона, с тем чтобы осуществить защиту... О таких случаях см. «Справочник по пунктуации».

В этом предложении оборот с союзом как — сравнительный оборот, что отчетливо видно, если изменить порядок слов: Я пытаюсь, как дурак, догнать тебя. Дело, видимо, в том, что смысл предложения прежде всего в попытке догнать, а не в характеристике этой попытки. 

Написание строчными в кавычках представляется наиболее уместным: это «леопарды», каждый «голубой леопард»...

В этом предложении одиночный союз и соединяет однородные определения ещё дрожащем от ветра и немного шумном, запятая перед ним не ставится по правилу постановки знаков препинания при однородных членах предложения.

Запятую ставить не надо: Я ведь всего несколько дней как приехал. Запятая перед союзом как оторвала бы сказуемое от подлежащего.

Это случай несколько иного рода, чем приведенные в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя примеры типа Даже и Ласка, спавшая свернувшись кольцом в краю сена, неохотно встала (Л. Т.) или Но Клим видел, что Лида, слушая рассказы отца поджав губы, не верит им (М. Г.), где деепричастный оборот по отношению к причастию играет роль обстоятельства образа действия (отвечает на вопрос как?). В Вашем случае два однородных деепричастных оборота вступают скорее в уступительные отношения с причастием: «изображает предмет, хотя не обладает знанием о нем, не интересуется его природой». Бо́льшая сложность смысла, выражаемого деепричастным оборотом (оборотами), — аргумент в пользу того, чтобы все-таки поставить запятую, несмотря на тесную связь с причастием.

Если нужно выразить сравнение и устранить неоднозначность, лучше использовать другой сравнительный союз, например: …носили, словно оберег, в кармане у самого сердца. Если нужно выразить значение ‘в качестве’, можно изменить предложение: …их читали и перечитывали, считали оберегом, носили в кармане у самого сердца.

Употребление предлогов в указанных позициях делает предложения более ясными: ...входить в некоторые наследственные синдромы, к примеру в Hartsfield-синдром — сочетание голопрозэнцефалии с эктродактилией. Более чем в 50 % случаев голопрозэнцефалия сочетается с патологическим кариотипом, чаще всего — с трисомией 13 и 18.