Глагол СВ в данном примере имеет конкретно-фактическое значение. Соответственно, подразумевается отрицание конкретного единичного факта (Разве я это сказал?).

Глагол НСВ в этом же примере имеет общефактическое значение. Соответственно, отрицается вообще то, что когда бы то ни было имел место подобный факт (Разве я это говорил?). Это отнюдь не риторический вопрос, но он может использоваться как средство усиления: говорящему требуется опровергнуть конкретный единичный факт, но он использует средство, отрицающее подобный факт вне привязки к какой-либо конкретной ситуации. Такое усиление происходит часто, поэтому вариант (2) и встречается значительно чаще, чем (1).

Корректно: микро- и макросистема, средства из-за границы (разговорный вариант: из заграницы), по истечении года, в продолжение недели, в заключение следует напомнить (в значении 'под конец, заканчивая'), впоследствии согласиться, по окончании школы, в отличие от депозита. Написание этих слов Вы можете проверить по орфографическому словарю (окно «Искать на Грамоте» на нашем портале). Разделы в справочниках: «Правописание сложных слов», «Правописание предлогов», «Правописание наречий».

Думаем, что Вам требуется юридический, а не лингвистический комментарий.

С точки зрения лингвистической глагол уничтожить может использоваться и без указания на действующее лицо: коррозия уничтожила маркировку кузова. Так что процитированный Вами отрывок регламента нельзя понять однозначно.

Пунктуация корректна. Обратите внимание: слово год при цифровой записи даты употреблено не в соответствующей контексту грамматической форме. Слово год можно вообще убрать.

Слова фармация и фармацевтика можно назвать абсолютными синонимами, оба они вполне нормативны. Исторически слово фармация означает аптеку — специализированный склад-магазин для хранения, кустарного изготовления и продажи лекарств, слово фармацевтика — производство лекарственных средств и препаратов в промышленных масштабах. Известно при этом, что специалисты предпочитают использовать в значении "раздел медицины, изучающий вопросы добывания, обработки, изготовления, хранения, отпуска лекарственных средств" именно слово фармация. 

Оба варианта корректны, но имеют разное значение. Вариант «аванс за строительные работы» подразумевает, что аванс выплачивается в качестве частичной оплаты за выполненные работы. В этом случае аванс является собственностью подрядчика и входит в стоимость работ. Вариант «аванс на строительные работы» предполагает, что аванс выплачивается для покрытия расходов на предстоящие работы, то есть это средства, которые будут потрачены на материалы, оборудование и оплату труда рабочих. В этом случае аванс не является частью стоимости работ и должен быть учтен отдельно.

А равно можно заменить на союз так же как и.

Запрета на сочетание глагола применять с существительным требование нет. Исходить нужно из того, какие значения имеет глагол применять/применить в современном русском языке. См.: ПРИМЕНЯТЬ, несов. (сов. применить), что. Использовать, потреблять (потребить) опыт, знания, какие-л. средства, прилагая, приспосабливая их для чего-л., с целью достижения каких-л. результатов, успеха и т.п. [impf. to apply (to), employ, use, put into use or operation; to exert, apply, use (strength, skill, etc.) to gain a desired result]. Этот клей применяют для склеивания изделий из дерева, ткани, кожи и бумаги. Теперь он мог применить свои знания на практике.

Стилистическая помета «народно-разговорное» (нар.-разг.) используется в «Большом толковом словаре русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова. Во вводном руководстве к словарю есть раздел «Функционально-стилистическая характеристика слова», в котором сообщается, что стилистический комментарий в словаре опирается на систему помет, отражающих, по мнению авторов, современное функционально-стилистическое расслоение русской лексики. Помета «народно-разговорное» дается для слов, указывающих на принадлежность к ненормированной народной речи и используемых в текстах как средство сниженной экспрессии. Помета «разговорное» дается для слов, употребляющихся как средство непринужденного общения, в том числе в деловой или официальной обстановке. Кроме того, составители ввели помету «разговорное сниженное» (разг.-сниж.) для слов, содержащих намеренно грубоватую экспрессию. Вывод: система стилистических помет в каждом толковом словаре отличается особенностями, о которых читателю сообщается во вводных разделах изданий.