Поскольку мы не видим текста целиком, то можем сказать только следующее. В предложении У самой вершины старой ели, в густых ветвях, свили гнездо тетеревятники-ястребы говорится о птицах (они названы здесь словами тетеревятники-ястребы). В предложении Много лесных тайн, сказочных чудес видят они с высокой тёмной высоты также говорится о птицах: местоимение они служит средством связи между этим предложением и предыдущим и заменяет собою наименование тетеревятники-ястребы.  

Правильно: Смерш (военная контрразведка в 1941–1945), смершевский. См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.

В сложносочиненном предложении, состоящем из безличных предложений, запятая не ставится, если его сказуемые имеют одинаковую форму, например: Необходимо рассмотреть авторские заявки и надо срочно составить по ним заключения. Ср.: Нету чудес, и мечтать о них нечего; Между тем совсем рассвело, и надо было опять выходить в море.

В предложении Заходи и чувствуй себя как дома запятая не нужна, но оно представляет собой не безличное, а определенно-личное предложение. Сказуемые в нем относятся к одному субъекту, поэтому их следует считать однородными, а предложение – простым. 

Сочетание того же цвета играет роль несогласованного определения при местоимении нечто и обособляется потому, что при нем уже есть согласованное определение (плавно летящее). Перед словом что запятая ставится, чтобы отделить части сложноподчиненного предложения: слово что здесь равнозначно слову какой, оно выражает отношения сходства или соответствия тому, что считается нормальным, обычным (сравним примеры, приведенные в параграфе 2910 академической «Русской грамматики»: Мысли были все те же, что в прошлую ночь...; Малинин испытал то же чувство, что и многие люди, сражавшиеся в те дни под Москвой). Вводное сочетание скорее всего не отделяется запятой от поясняющего приложения чайка (оно поясняет неопределенное местоимение нечто): Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, скорее всего чайка. Как вариант, можно отделить это приложение с помощью тире — в таком случае перед этим тире нужна запятая, закрывающая придаточную часть, и вводное сочетание внутри пояснительной конструкции также выделяется запятой: Пейзаж дополняло нечто плавно летящее, того же цвета, что и небо, — скорее всего, чайка.

См. ответ на вопрос № 445838">270347 и «Справочник по пунктуации».

Все зависит от значения. Если "между тем" = "в это время", то запятая не нужна.

Следует писать через дефис: мясо-яичный, мясо-молочный.