Корректно: Маленькая, плотная положительно заряженная структура в центре атома.
Подобные сочетания не обособляются.
В этом предложении нужен только один знак препинания – точка в конце. Обороты с предлогом начиная с (чего-либо) не обособляются, если предлог в буквальном смысле указывает на время, дату начала чего-либо (при этом слово начиная обычно можно опустить).
Это сочетание корректно.
Расстановка знаков препинания зависит от смысла и интонации. Можно написать без знаков препинания. Однако слова на этот раз уже его дома могут выступать в роли присоединительного члена предложения (который содержит добавочное сообщение), тогда перед ними следует поставить тире.
Предложение построено неудачно. Возможный вариант: Мой муж на протяжении четырех месяцев появляется дома лишь поздно вечером, когда я уже сплю.
Верно: отлучиться из дома.
Корректная пунктуация: Мы решаем все проблемы не выходя из дома, через портал.
Верно: Деятельность М. многогранна, и сегодняшнее открытие выставки – тому подтверждение.
