В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная. 

Более вероятна такая расстановка знаков:

Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.

В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.

Для конструкций типа брат с сестрой допускается постановка сказуемого как в форме множественного, так и в форме единственного числа. Форма множественного числа сказуемого показывает, что действие, обозначаемое сказуемым, в равной мере приписывается всем действующим лицам. Форма единственного числа сказуемого показывает, что обозначаемое сказуемым действие приписывается первому из названных действующих лиц. Однако на наш взгляд в данном случае лучше выбрать форму множественного числа, так как действующих лиц много. В этом случае и обособление оборота вместе с двумя иноками Варлаамом Яцким и Мисаилом Повадиным не нужно. 

Такие сокращения не являются общепринятыми, они будут непонятны читателю. Наша рекомендация — не сокращать.

Запятая не нужна. 

В таких случаях ставится соединительное тире: Отношения учитель — ученик очень сокровенны.

В подобных предложениях следует ставить тире.

Верно: когда выбор в установленном порядке и установленные сроки должник не сделал; в порядке и сроки, которые были установлены законодательством. Причастие должно согласоваться в падеже с определяемым словом. Поскольку определяемые слова стоят в разных падежах, причастие приходится либо повторять, либо заменять придаточным предложением.

Названия в кавычках можно рассматривать как поясняющие слова к пункт N. Однако сочетания типа п. 5 «Установка» можно считать и единым названием, тогда запятая не нужна. Второй вариант лучше. Запятая коммуникативно избыточна.  

В учебнике отражена одна из научных точек зрения. Если сочетания типа более быстрый, менее быстрый считать составной сравнительной степенью, как это принято в школьной грамматике (см. например пособие Е. И. Литневской), то элементы более, менее можно отнести к формообразующим частицам. Именно такая точка зрения принята в «Объяснительном словаре русского языка» под ред. В. В. Морковкина.

Запятые не нужны. Не выделяются запятыми слова видишь, знаешь и т. п. в вопросительно-восклицательных предложениях типа: А он знаешь какой хороший!; А он видишь что делает?