Оба варианта верны.
Верно: с генералом, убитым.
Если смысл предложения в том, что сведения выявлены и влекут риски, то верно: Сведения о критичных нарушениях, выявленных в ходе проверок и влекущих риски.
Предпочтительный вариант: в ходе проверки выявлен ряд недочетов.
Причастный оборот инициированной Вашим обращением, следующий после определяемого слова проверки, нужно выделить запятыми: В ходе проверки, инициированной Вашим обращением, установлено, что...
Склонять фамилию Скалиа нет оснований.
Правильно: Хочется отметить оперативную работу сотрудников при ответах на вопросы, возникавшие в ходе подготовки отчетности. Слово вопросы стоит в форме винительного падежа, следовательно, и относящееся к нему определение возникавшие тоже должно стоять в форме винительного падежа.
Правилен второй вариант.
Запятая не нужна, так как союз и соединяет части сложносочиненного предложения, но имеется общий второстепенный член в ходе расследования.
