Запятые стоят верно.
Возможные варианты: между валежником, среди валежника.
Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
В значении 'находиться в рабочем состоянии' по отношению к часам используются оба глагола: идти и ходить. Поэтому оба сочетания возможны. Есть небольшой нюанс: глагол ходить обычно используется, если речь идет о приспособлениях и механизмах, основанных на движении вперёд — назад или вверх — вниз. Поэтому сказать о настенных часах с маятником часы перестали ходить более естественно, чем, например, об электронных часах, встроенных в какой-либо прибор.
Предпочтителен глагол мучиться (они мучатся). Глагол мучаться (они мучаются) носит разговорный отттенок.
Такая глагольная форма существует. Но лучше сказать: управлять машиной, управляй машиной.
Это винительный падеж, такие конструкции носят разговорный оттенок (но разговорная речь тоже часть литературного языка).
Запятая нужна.
От существительного лицей образуется прилагательное лицейский. Правильно: учиться по лицейской программе.