Верно: в пяти тысячах случаев.

Словарная рекомендация: тысяча, -и, тв. тысячей и тысячью, р. мн. тысяч.

А в чем вопрос?

Да, редукция в этом случае происходит. Звук э может находиться только в ударной позиции; попадая в безударную, он редуцируется. В школе обычно этот безударный звук называют звуком [и], хотя правильнее говорить о некотором промежуточном звуке между [и] и [э]. Его называют и с призвуком э и обозначают так: [и^э]. Ср.: тема [т'э] – тематический [т'и^э],  о враче [ч'э] – о тысяче [ч'и^э].

Верен второй вариант.

Следует определиться с вопросом, чем является слово тысяча — существительным или числительным. Если тысяча — имя существительное, то оно должно управлять родительным падежом существительного голы (тысяча голов, тысячи голов, тысяче голов, тысячу голов — форма управляемого существительного во всех падежах сохраняется). Если тысяча — числительное, то оно должно согласовываться со словом голы в косвенных падежах. Иначе говоря, в формах косвенных падежей все количественные числительные должны употребляться с существительными в аналогичных падежных формах: тысяче голам, о тысяче голах и т. д. «Толковый словарь русского языка» С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой считает слово тысяча во всех значениях (в т. ч. в значении 'число и количество 1000') именем существительным. Согласно «Словарю русского языка» в 4 т. под ред. А. П. Евгеньевой («Малый академический словарь») и «Большому толковому словарю русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, слово тысяча — имя существительное только в значениях 'огромное количество, множество' и 'большие деньги, состояние'. А в значениях 'число 1000' и 'количество 1000' тысяча — количественное числительное. Академическая «Русская грамматика» 1980 года поясняет: существительные, лексически обозначающие число или количество кого-чего-н., во всех падежах управляют существительным, называющим считаемые предметы: тысяча человек, тысячей человек, тысячей рублей; о тысяче человек. Вывод: слово тысяча в дательном падеже является существительным и во всех падежах управляет зависимым от него словом. То есть корректно: Роналду приблизился к 1000 голов.

Лучше: На Вашем счете тысяча рублей.

Корректно: на сумму тысяча рублей, на тысячу рублей. 

Оба варианта верны.