В значении "после окончания" правильно: по окончании.
Обособление уместно.
Правильно: по окончании. См. в Словаре трудностей.
Предпочтительно (но не строго): контроль за обучением. Фраза "Занятия проводить в соответствии с... принятием зачетов по окончании обучения" некорректна. Запятая здесь не требуется.
Предлог со значением "после" - по окончании: по окончании мероприятия гости разошлись; но: судить о форме слова по окончанию.
См. в «Словаре трудностей».
См. в «Словаре трудностей».
См. в «Словаре трудностей».