В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

В гражданской дореформенной печати омега не использовалась (она не была включена Петром I в реформированный им алфавит). Поэтому можно говорить только о правилах употребления омеги в нормализованной церковнославянской орфографии. Омега здесь употребляется в греческих заимствованиях в соответствии с греческой омегой (канωнъ), в предлогах и приставках (ω, ωбъ, ωчистити), на конце наречий и некоторых союзов и частиц (ранω, оубω), в окончаниях форм родительного падежа, в том числе для их отличия от омонимичных форм винительного падежа или омонимичных начальных форм (рабωвъ; егω — род. ед., но его — вин. ед.; плωдъ — род. мн., но плодъ — им. ед.), в окончаниях форм дательного множественного для их отличия от форм творительного единственного (оученикωмъ — дат. мн., оученикомъ — тв. ед.) и некоторых других случаях.

Правильно: что необычного. В подобных предложениях после вопросительного слова что следует существительное (толк, прок), качественное прилагательное (новый, интересный) или местоименное слово такой в форме родительного падежа. В синтаксисе такие предложения относят к предложениям т. н. фразеологизированной структуры, то есть предложениям, строение которых не может быть объяснено современными синтаксическими правилами.

Верно: четыре компании-резидента.

Это недавнее заимствование в словари литературного языка не входит. Оно обозначает мошенника, действующего, как правило, в интернете.

Запятая не нужна.

Это жаргонное слово, в соответствии с английским эквивалентом, обычно пишется с одной буквой ф: рофл.

Правильно: читать с начала.

Постановка запятой не зависит от положения этого сочетания в предложении.

Сокращение мск (МСК) принято для обозначения московского времени, см. ответ на вопрос № 316171.